Speciation of copper-peptide complexes in water solution using DFTB and DFT approaches: case of the [Cu(HGGG)(Py)] complex.
Speciation of copper-peptide complexes in water solution using DFTB and DFT approaches: case of the [Cu(HGGG)(Py)] complex.
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使用 DFTB 和 DFT 方法对水溶液中的铜-肽复合物进行形态分析：[Cu(HGGG)(Py)] 复合物的案例。
DOI：
--
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发表时间：
2012
影响因子：
3.3
通讯作者：
P. Fantucci
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
M. Bruschi;L. Bertini;V. Bonačić‐Koutecký;L. De Gioia;R. Mitrić;Giuseppe Zampella;P. Fantucci
DFTB和DFT方法应用于研究不同形式的[Cu（HGGG）（Py）]络合物在水中，目的是确定最稳定的异构体。DFTB计算是可能的，这要归功于Cu-H，Cu-C，Cu-N和Cu-O的原子-原子排斥能项的仔细参数化。物种形成过程是通过计算不同的DFTB操纵的分子动力学（SMD）轨迹来进行的，每个轨迹都以定义明确的不同形式结束。每个轨迹的最后一帧在DFTB和DFT水平上进行几何优化，得到不同的异构体。从相应的能量值，可以建立异构体的相对稳定性等级。这里开发的计算协议是一般适用于其他金属肽系统，并代表了一个新的强大的工具，用于含金属的系统在水溶液中的形态的研究，特别是有用的化合物的充分表征时，不能只进行实验结果的基础上。
The DFTB and DFT methods are applied to the study of different forms of the [Cu(HGGG)(Py)] complex in water, with the aim of identifying the most stable isomer. The DFTB calculations were possible thanks to a careful parametrization of the atom-atom repulsive energy terms for Cu-H, Cu-C, Cu-N, and Cu-O. The speciation process is carried out by computing different DFTB-steered molecular dynamics (SMD) trajectories, each of which ends in a well-defined different form. The last frame of each trajectory is subjected to geometry optimization at both DFTB and DFT levels, leading to a different isomer. From the corresponding energy values, a rank of relative stability of the isomers can be established. The computational protocol developed here is of general applicability to other metal-peptide systems and represents a new powerful tool for the study of speciation of metal-containing systems in water solution, particularly useful when the full characterization of the compound cannot be carried out on the basis of experimental results only.
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