Exploiting ordered waters in molecular docking.
Exploiting ordered waters in molecular docking.
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DOI：
10.1021/jm8006239
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发表时间：
2008-08-28
影响因子：
7.3
通讯作者：
Shoichet BK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huang N;Shoichet BK
目前对接的一个弱点是水介导的蛋白质-配体相互作用的处理。我们探索切换有序的水分子“开”和“关”在对接屏幕的大型图书馆。该方法假设加和性和规模线性的沃茨采样的数量，尽管配置的指数增长。它是测试的配体富集对24个目标，探索多达256水配置。水包裹体大大增加了12个目标的富集，而大多数其他目标基本上不受影响。
A current weakness in docking is the treatment of water-mediated protein–ligand interactions. We explore switching ordered water molecules “on” and “off” during docking screens of a large library. The method assumes additivity and scales linearly with the number of waters sampled despite the exponential growth in configurations. It is tested for ligand enrichment against 24 targets, exploring up to 256 water configurations. Water inclusion increased enrichment substantially for 12 targets, while most others were largely unaffected.
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DOI：
10.1002/prot.10028
发表时间：
2002-01-01
期刊：
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS
影响因子：
--
作者：
Österberg, F;Morris, GM;Goodsell, DS
通讯作者：
Goodsell, DS
影响因子：
5.6
作者：
Corbeil, Christopher R.;Englebienne, Pablo;Moitessier, Nicolas
通讯作者：
Moitessier, Nicolas
影响因子：
7.3
作者：
de Graaf, C;Pospisil, P;Vermeulen, NPE
通讯作者：
Vermeulen, NPE
影响因子：
3
作者：
Pettersen, EF;Goddard, TD;Ferrin, TE
通讯作者：
Ferrin, TE
影响因子：
5.6
作者：
Wei, BQ;Weaver, LH;Shoichet, BK
通讯作者：
Shoichet, BK