Computational discovery of cis-regulatory modules in Drosophila without prior knowledge of motifs.
Computational discovery of cis-regulatory modules in Drosophila without prior knowledge of motifs.
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DOI：
10.1186/gb-2008-9-1-r22
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发表时间：
2008-01-28
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Sinha, Saurabh
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ivan, Andra;Halfon, Marc S.;Sinha, Saurabh
采用两种新颖的方法，在不输入任何相关基序的情况下，从头开始预测顺式调控模块。我们考虑了在不知道基序的情况下预测顺式调控模块的问题。我们在一个实用的环境中制定了这个问题，并使用果蝇模块创建了30多个新数据集，作为“基准”。我们提出了两种新的方法来解决这个问题，并在我们的基准上对它们以及两种现有的方法进行了评估。我们发现，在没有任何相关基序输入的情况下，从头开始预测顺式调控模块的挑战是一个可以实现的目标。
Prediction of cis-regulatory modules ab initio, without any input of relevant motifs, is achieved with two novel methods. We consider the problem of predicting cis-regulatory modules without knowledge of motifs. We formulate this problem in a pragmatic setting, and create over 30 new data sets, using Drosophila modules, to use as a 'benchmark'. We propose two new methods for the problem, and evaluate these, as well as two existing methods, on our benchmark. We find that the challenge of predicting cis-regulatory modules ab initio, without any input of relevant motifs, is a realizable goal.
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DOI：
10.1073/pnas.231608898
发表时间：
2002-01-22
影响因子：
11.1
作者：
Berman, BP;Nibu, Y;Eisen, MB
通讯作者：
Eisen, MB
影响因子：
64.5
作者：
Hallikas, O;Palin, K;Taipale, J
通讯作者：
Taipale, J
影响因子：
3
作者：
Chan, BY;Kibler, D
通讯作者：
Kibler, D
影响因子：
7
作者：
Johnson, DS;Zhou, Q;Sidow, A
通讯作者：
Sidow, A
影响因子：
5.8
作者：
Kantorovitz, Miriam R.;Robinson, Gene E.;Sinha, Saurabh
通讯作者：
Sinha, Saurabh