基于RNA-Seq挖掘玫瑰冠鸡与科宝鸡胚胎期胸肌组织差异表达基因
基于RNA-Seq挖掘玫瑰冠鸡与科宝鸡胚胎期胸肌组织差异表达基因
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DOI：
10.3969/j.issn.1000-4440.2020.05.022
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
廖和荣
中科院分区：
文献类型：
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作者：
张蕾;任嵩;杨娴婧;孙杰;廖和荣
本研究旨在挖掘玫瑰冠鸡与科宝鸡胚胎期胸肌组织中差异表达基因,探讨2种鸡肌肉发育及肌内脂肪(IMF)沉积的分子遗传机理。本研究利用RNA-Seq技术对玫瑰冠鸡和科宝鸡胚胎期胸肌组织中差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs)进行筛选,通过GO富集和KEGG数据库对DEGs的功能进行注释与分析。结果显示:4个文库共鉴定到4 643个差异表达基因,其中玫瑰冠公鸡胸肌和科宝公鸡胸肌中有1 909个显著表达的基因,以科宝鸡为参照,929个上调,980个下调;玫瑰冠母鸡胸肌和科宝母鸡胸肌中有2 734个显著表达的基因,其中1 444个上调,1 290个下调。经荧光定量PCR验证,选取的12个差异基因的表达趋势与测序结果一致。GO富集结果表明,MYL2调控骨骼肌的生长发育,MYOG参与肌细胞的形成与分化;ACACA、ACOX2和ACOX3参与脂肪酸代谢过程;Notch1参与了胚胎发育及脂肪分化相关过程。此外,KEGG通路分析结果显示,能量代谢相关的信号通路(mTOR)与肌肉发育相关的信号通路相互作用影响肌纤维的发育。细胞连接相关通路(局部粘附、ECM-受体互作)参与了肌肉脂肪代谢过程。本研究结果为进一步解析鸡优质肉质性状相关的遗传机制奠定了基础。