基于cp DNA序列和ISSR分子标记的甘肃祁连山地区麻花秦艽变异与遗传分化分析
基于cp DNA序列和ISSR分子标记的甘肃祁连山地区麻花秦艽变异与遗传分化分析
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DOI：
10.11669/cpj.2022.09.003
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
晋玲
中科院分区：
文献类型：
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作者：
朱田田;张明惠;曹后康;马晓辉;孟伟业;晋玲
目的采用叶绿体基因(cp DNA)序列和ISSR分子标记技术对甘肃祁连山地区麻花秦艽进行序列变异和遗传分化分析。方法利用试剂盒提取法提取麻花秦艽的基因组DNA,利用筛选出的trnS-trnG和rpl20-rps12引物进行扩增并测序,通过软件Chromas、ContigExpress对得到的序列进行校正、拼接,利用MegaX、DanSP5、GenALEx软件对拼接后的序列进行序列特征分析,最后利用PopART软件得到麻花秦艽的单倍型网状进化图。结果18个麻花秦艽居群共计114个个体被成功扩增和测序; 2个cp DNA片段经拼接后的长度为1 246 bp,共有676个多态性变异位点,459个单一突变位点、217个简约信息位点和107个插入-缺失位点;单倍型41个,其中特有单倍型34个; Tajima's D检验在P > 0.05水平上不显著,整体遵循中性进化模型。居群内变异百分比为89%,说明遗传变异主要存在于居群内; Fst = 0.114(P < 0.05),Nm = 3.889说明居群间分化程度较低,居群间具有较强的基因交流。遗传距离与地理距离相关性分析r =-0.094(P < 0.05),说明遗传距离与地理距离不具有明显的相关性。结论甘肃祁连山地区麻花秦艽在物种水平上遗传多样性较高,具有丰富的单倍型类型,居群的遗传变异主要来自于遗传漂变。