TGStools: A Bioinformatics Suit to Facilitate Transcriptome Analysis of Long Reads from Third Generation Sequencing Platform
TGStools: A Bioinformatics Suit to Facilitate Transcriptome Analysis of Long Reads from Third Generation Sequencing Platform
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TGStools：促进第三代测序平台长读长转录组分析的生物信息学套件
DOI：
10.3390/genes10070519
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发表时间：
2019-07
期刊：
影响因子：
3.5
通讯作者：
Xu Jianzhen
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen Danze;Zhao Qianqian;Jiang Leiming;Liao Shuaiyuan;Meng Zhigang;Xu Jianzhen
最近的分析表明，转录组测序可以作为孟德尔罕见疾病的诊断工具。第三代测序从头开始检测数千个碱基对的长阅读，从而极大地扩展了对新的长非编码RNA的异构体的发现和鉴定。在这项研究中，我们开发了TGS工具，这是一个生物信息学套件，用于简化常规任务，如表征全长转录本，检测交替剪接的移位类型，以及在转录组分析中识别长非编码RNA(LncRNAs)。它还使用可视化框架来优先处理抄本，该框架自动将丰富的注释与已知的基因组特征集成在一起。TGSTools是Github上免费提供的一个Python包。
Recent analyses show that transcriptome sequencing can be utilized as a diagnostic tool for rare Mendelian diseases. The third generation sequencing de novo detects long reads of thousands of base pairs, thus greatly expanding the isoform discovery and identification of novel long noncoding RNAs. In this study, we developed TGStools, a bioinformatics suite to facilitate routine tasks such as characterizing full-length transcripts, detecting shifted types of alternative splicing, and long noncoding RNAs (lncRNAs) identification in transcriptome analysis. It also prioritizes the transcripts with a visualization framework that automatically integrates rich annotation with known genomic features. TGStools is a Python package freely available at Github.
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影响因子：
17.1
作者：
Cummings BB;Marshall JL;Tukiainen T;Lek M;Donkervoort S;Foley AR;Bolduc V;Waddell LB;Sandaradura SA;O'Grady GL;Estrella E;Reddy HM;Zhao F;Weisburd B;Karczewski KJ;O'Donnell-Luria AH;Birnbaum D;Sarkozy A;Hu Y;Gonorazky H;Claeys K;Joshi H;Bournazos A;Oates EC;Ghaoui R;Davis MR;Laing NG;Topf A;Genotype-Tissue Expression Consortium;Kang PB;Beggs AH;North KN;Straub V;Dowling JJ;Muntoni F;Clarke NF;Cooper ST;Bönnemann CG;MacArthur DG
通讯作者：
MacArthur DG
影响因子：
3.7
作者：
Hardwick, Simon A.;Bassett, Samuel D.;Mattick, John S.
通讯作者：
Mattick, John S.
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10.5
作者：
Cabili, Moran N.;Trapnell, Cole;Rinn, John L.
通讯作者：
Rinn, John L.
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82.9
作者：
Fresard, Laure;Smail, Craig;Dyment, David
通讯作者：
Dyment, David
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46.9
作者：
通讯作者：
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