Bioinformatics for whole-genome shotgun sequencing of microbial communities.
Bioinformatics for whole-genome shotgun sequencing of microbial communities.
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DOI：
10.1371/journal.pcbi.0010024
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发表时间：
2005-07
影响因子：
4.3
通讯作者：
Pachter L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen K;Pachter L
全基因组鸟枪测序在微生物群落中的应用代表了宏基因组学的重大发展，宏基因组学是通过现代基因组分析工具研究未培养的微生物。在过去的一年中，全基因组鸟枪测序项目的原核生物群落从酸性矿山生物膜，马尾藻海，明尼苏达州农场土壤，三个深海鲸鱼福尔斯，和深海沉积物已被报道，增加了以前发表的工作，从海洋和粪便样本的病毒群落。对这种新数据的解释提出了各种各样令人兴奋和困难的生物信息学问题。这篇评论的目的是介绍生物信息学社区这一新兴领域的调查现有的技术和有前途的新方法，这些最有趣的计算问题。
The application of whole-genome shotgun sequencing to microbial communities represents a major development in metagenomics, the study of uncultured microbes via the tools of modern genomic analysis. In the past year, whole-genome shotgun sequencing projects of prokaryotic communities from an acid mine biofilm, the Sargasso Sea, Minnesota farm soil, three deep-sea whale falls, and deep-sea sediments have been reported, adding to previously published work on viral communities from marine and fecal samples. The interpretation of this new kind of data poses a wide variety of exciting and difficult bioinformatics problems. The aim of this review is to introduce the bioinformatics community to this emerging field by surveying existing techniques and promising new approaches for several of the most interesting of these computational problems.
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影响因子：
2.2
作者：
Dale, C;Dunbar, H;Ochman, H
通讯作者：
Ochman, H
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作者：
Chen, D;Eulenstein, O;Fernández-Baca, D
通讯作者：
Fernández-Baca, D
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作者：
Béjà, O;Aravind, L;DeLong, EF
通讯作者：
DeLong, EF
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作者：
Bray, N;Pachter, L
通讯作者：
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作者：
Breitbart, M;Hewson, I;Rohwer, F
通讯作者：
Rohwer, F