TSA-CRAFT: A Free Software for Automatic and Robust Thermal Shift Assay Data Analysis
TSA-CRAFT: A Free Software for Automatic and Robust Thermal Shift Assay Data Analysis
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DOI：
10.1177/2472555218823547
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发表时间：
2019-06-01
期刊：
影响因子：
3.1
通讯作者：
Ng, Ley-Moy
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lee, Po-Hsien;Huang, Xi Xiao;Ng, Ley-Moy
热位移测定 (TSA) 是一种越来越流行的技术，用于在 X 射线晶体学和药物发现应用中识别蛋白质稳定条件或相互作用的配体。虽然 TSA 反应的设置和运行是一个相对简单的过程，但 TSA 数据的后续分析，尤其是高通量格式的数据，如果手动进行，则需要大量的工作。因此，我们开发了热位移分析曲线快速自动拟合工具 (TSA-CRAFT)，这是一款免费软件，可以自动分析任何吞吐量的 TSA 数据。 TSA-CRAFT 直接读取实时 PCR 仪器数据文件并在网络浏览器中显示分析结果。该软件具有简化的数据处理和玻尔兹曼方程拟合的特点，本研究证明它可以提供比常用的一阶导数方法更准确的数据分析。 TSA-CRAFT 可作为跨操作系统兼容的独立工具免费提供 (https://sourceforge.net/projects/tsa-craft/)，也可作为可免费访问的 Web 服务器 (http://tbtlab.org/tsacraft.html)。
Thermal shift assay (TSA) is an increasingly popular technique used for identifying protein stabilizing conditions or interacting ligands in X-ray crystallography and drug discovery applications. Although the setting up and running of TSA reactions is a relatively simple process, the subsequent analysis of TSA data, especially in high-throughput format, requires substantial amount of effort if conducted manually. We therefore developed the Thermal Shift Assay-Curve Rapid and Automatic Fitting Tool (TSA-CRAFT), a freely available software that enable automatic analysis of TSA data of any throughput. TSA-CRAFT directly reads real-time PCR instrument data files and displays the analyzed results in a web browser. This software features streamlined data processing and Boltzmann equation fitting, which is demonstrated in this study to provide more accurate data analysis than the commonly used first-derivative method. TSA-CRAFT is freely available as a cross-operating system-compatible standalone tool (https://sourceforge.net/projects/tsa-craft/) and also as a freely accessible web server (http://tbtlab.org/tsacraft.html).