Identification of key gene modules and genes in colorectal cancer by co-expression analysis weighted gene co-expression network analysis
Identification of key gene modules and genes in colorectal cancer by co-expression analysis weighted gene co-expression network analysis
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通过共表达分析加权基因共表达网络分析鉴定结直肠癌关键基因模块和基因
DOI：
10.1042/bsr20202044
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发表时间：
2020-08
影响因子：
4
通讯作者：
Du Ying
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang Peng;Zheng Huaixin;Zhang Jiayu;Wang Yashu;Liu Pingping;Xuan Xiaoyan;Li Qianru;Du Ying
结直肠癌（Colorectal cancer，CRC）是世界范围内最常见的恶性肿瘤之一，随着人口的增长和老龄化以及西方化的生活方式，其病情有加重的趋势。然而，由于其病因的复杂性，目前尚无有效的治疗方法。因此，致病机制仍有待明确界定。在本研究中，我们采用了一种先进的分析方法-加权基因共表达网络分析（WGCNA），以确定与CRC相关的关键基因模块和枢纽基因。共发现5个基因共表达模块与结直肠癌高度相关，其中1个基因模块与结直肠癌显著正相关（R = 0.88）。对初级基因模块中的基因进行功能富集分析，发现代谢途径可能是大肠癌发病的重要途径。进一步利用Cytoscape软件和UALCAN数据库，我们筛选并验证了一些与结直肠癌正相关的hub基因，包括PAICS、ATR、AASDHPPT、DDX 18、NUP 107和TOMM 6。本研究发现了与结直肠癌相关的关键基因模块和枢纽基因，为深入了解结直肠癌的发病机制提供了参考，并可能成为新的结直肠癌候选靶基因。
Colorectal cancer (CRC) has been one of the most common malignancies worldwide, which tends to get worse for the growth and aging of the population and westernized lifestyle. However, there is no effective treatment due to the complexity of its etiology. Hence, the pathogenic mechanisms remain to be clearly defined. In the present study, we adopted an advanced analytical method-Weighted Gene Co-expression Network Analysis (WGCNA) to identify the key gene modules and hub genes associated with CRC. In total, five gene co-expression modules were highly associated with CRC, of which, one gene module correlated with CRC significantly positive (R = 0.88). Functional enrichment analysis of genes in primary gene module found metabolic pathways, which might be a potentially important pathway involved in CRC. Further, we identified and verified some hub genes positively correlated with CRC by using Cytoscape software and UALCAN databases, including PAICS, ATR, AASDHPPT, DDX18, NUP107 and TOMM6. The present study discovered key gene modules and hub genes associated with CRC, which provide references to understand the pathogenesis of CRC and may be novel candidate target genes of CRC.
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DOI：
10.1016/j.neo.2018.07.006
发表时间：
2018-09
期刊：
Neoplasia (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Chakravarthi BVSK;Rodriguez Pena MDC;Agarwal S;Chandrashekar DS;Hodigere Balasubramanya SA;Jabboure FJ;Matoso A;Bivalacqua TJ;Rezaei K;Chaux A;Grizzle WE;Sonpavde G;Gordetsky J;Netto GJ;Varambally S
通讯作者：
Varambally S
影响因子：
3.7
作者：
Allen JD;Xie Y;Chen M;Girard L;Xiao G
通讯作者：
Xiao G
DOI：
10.14343/jcscr.2016.4e1003
发表时间：
2016
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
M. Štimpfel;I. Virant-Klun
通讯作者：
M. Štimpfel;I. Virant-Klun
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影响因子：
4
作者：
Liu, Zhaoyu;Li, Ming;Yi, Gao
通讯作者：
Yi, Gao
DOI：
--
发表时间：
1996
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--