A phylogenetic model for the detection of epistatic interactions.
A phylogenetic model for the detection of epistatic interactions.
复制标题
用于检测上皮相互作用的系统发育模型。
DOI：
10.1093/molbev/mst108
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发表时间：
2013-09
影响因子：
10.7
通讯作者：
Huelsenbeck JP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nasrallah CA;Huelsenbeck JP
成对的上位相互作用，例如 RNA 茎区的相互作用，在许多生物过程中发挥着重要作用。然而，与蛋白质编码区不同，成对上位相互作用缺乏适当的统计工具来检测选择性中性的偏离。在这里，提出了一个用于分析配对上位区域的模型，该模型利用补偿性替代过程的群体遗传学来检测自然选择针对有害等位基因组合的相对强度。该方法基于双取代和单取代的相对率，并且可以区分非独立相互作用和负上位相互作用。该模型在用于参数估计的完全贝叶斯框架中实现，并使用 5S rRNA 数据集进行演示。除了检测选择之外，以这种方式对双取代和单取代过程进行建模本质上解释了茎位置之间速率变化的很大一部分。
Paired epistatic interactions, such as those in the stem regions of RNA, play an important role in many biological processes. However, unlike protein-coding regions, paired epistatic interactions have lacked the appropriate statistical tools for the detection of departures from selective neutrality. Here, a model is presented for the analysis of paired epistatic regions that draws upon the population genetics of the compensatory substitution process to detect the relative strength of natural selection acting against deleterious combinations of alleles. The method is based upon the relative rates of double and single substitution, and can differentiate between nonindependent interactions and negatively epistatic ones. The model is implemented in a fully Bayesian framework for parameter estimation and is demonstrated using a 5S rRNA data set. In addition to the detection of selection, modeling the double and single substitution processes in this manner inherently accounts for a substantial proportion of rate variation among stem positions.
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影响因子：
1.5
作者：
Higgs, PG
通讯作者：
Higgs, PG
影响因子：
64.8
作者：
Meer, Margarita V.;Kondrashov, Alexey S.;Kondrashov, Fyodor A.
通讯作者：
Kondrashov, Fyodor A.
DOI：
10.1073/pnas.88.22.10032
发表时间：
1991-11-01
影响因子：
11.1
作者：
ROUSSET, F;PELANDAKIS, M;SOLIGNAC, M
通讯作者：
SOLIGNAC, M
影响因子：
10.7
作者：
Robinson, DM;Jones, DT;Thorne, JL
通讯作者：
Thorne, JL
DOI：
10.1073/pnas.0508279103
发表时间：
2006-04-18
影响因子：
11.1
作者：
Huelsenbeck, JP;Jain, S;Pond, SLK
通讯作者：
Pond, SLK