Iterative Correction of Reference Nucleotides (iCORN) using second generation sequencing technology.
Iterative Correction of Reference Nucleotides (iCORN) using second generation sequencing technology.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq269
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发表时间：
2010-07-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Newbold C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Otto TD;Sanders M;Berriman M;Newbold C
动机：参考基因组的准确性对于下游分析很重要，但低错误率需要昂贵的手动询问序列。在这里，我们描述了一种新颖的算法（参考核苷酸的迭代校正），该算法迭代地比对短测序读取的深度覆盖，以校正参考基因组序列中的错误并评估其准确性。结果：以恶性疟原虫（81% A + T 含量）作为极端示例，我们表明该算法非常准确，并纠正了参考序列中的 2000 多个错误。我们给出了其在许多其他真核和原核基因组中的应用示例，并提出了其他应用建议。可用性：该软件可从 http://icorn.sourceforge.net 获取 联系方式：tdo@sanger.ac.uk； cnewbold@hammer.imm.ox.ac.uk 补充信息：补充数据可在生物信息学在线获取。
Motivation: The accuracy of reference genomes is important for downstream analysis but a low error rate requires expensive manual interrogation of the sequence. Here, we describe a novel algorithm (Iterative Correction of Reference Nucleotides) that iteratively aligns deep coverage of short sequencing reads to correct errors in reference genome sequences and evaluate their accuracy. Results: Using Plasmodium falciparum (81% A + T content) as an extreme example, we show that the algorithm is highly accurate and corrects over 2000 errors in the reference sequence. We give examples of its application to numerous other eukaryotic and prokaryotic genomes and suggest additional applications. Availability: The software is available at http://icorn.sourceforge.net Contact: tdo@sanger.ac.uk; cnewbold@hammer.imm.ox.ac.uk Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp377
发表时间：
2009-11-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Dutilh BE;Huynen MA;Strous M
通讯作者：
Strous M
影响因子：
7
作者：
Li, Heng;Ruan, Jue;Durbin, Richard
通讯作者：
Durbin, Richard
影响因子：
14.9
作者：
Gajer, P;Schatz, M;Salzberg, SL
通讯作者：
Salzberg, SL
影响因子：
7
作者：
Ning, ZM;Cox, AJ;Mullikin, JC
通讯作者：
Mullikin, JC
DOI：
10.1093/bioinformatics/btn529
发表时间：
2008-12-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Carver T;Berriman M;Tivey A;Patel C;Böhme U;Barrell BG;Parkhill J;Rajandream MA
通讯作者：
Rajandream MA