CREST maps somatic structural variation in cancer genomes with base-pair resolution.
CREST maps somatic structural variation in cancer genomes with base-pair resolution.
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DOI：
10.1038/nmeth.1628
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发表时间：
2011-06-12
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Zhang, Jinghui
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang, Jianmin;Mullighan, Charles G.;Easton, John;Roberts, Stefan;Heatley, Sue L.;Ma, Jing;Rusch, Michael C.;Chen, Ken;Harris, Christopher C.;Ding, Li;Holmfeldt, Linda;Payne-Turner, Debbie;Fan, Xian;Wei, Lei;Zhao, David;Obenauer, John C.;Naeve, Clayton;Mardis, Elaine R.;Wilson, Richard K.;Downing, James R.;Zhang, Jinghui
我们开发了 CREST（Clipping REveals STructure），这是一种算法，使用与参考基因组部分比对的下一代测序读数，以在核苷酸分辨率水平上直接绘制结构变异。应用 CREST 对五种儿科 T 系急性淋巴细胞白血病 (T-ALL) 和人类黑色素瘤细胞系 COLO-829 的全基因组测序数据，鉴定出 160 种体细胞结构变异。实验验证超过 80%，证明 CREST 具有很高的预测准确性。
We developed CREST (Clipping REveals STructure), an algorithm that uses next-generation sequencing reads with partial alignments to a reference genome to directly map structural variations at the nucleotide level of resolution. Application of CREST to whole-genome sequencing data from five pediatric T-lineage acute lymphoblastic leukemias (T-ALLs) and a human melanoma cell line, COLO-829, identified 160 somatic structural variations. Experimental validation exceeded 80% demonstrating that CREST had a high predictive accuracy.
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影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
30.8
作者：
Campbell, Peter J.;Stephens, Philip J.;Pleasance, Erin D.;O'Meara, Sarah;Li, Heng;Santarius, Thomas;Stebbings, Lucy A.;Leroy, Catherine;Edkins, Sarah;Hardy, Claire;Teague, Jon W.;Menzies, Andrew;Goodhead, Ian;Turner, Daniel J.;Clee, Christopher M.;Quail, Michael A.;Cox, Antony;Brown, Clive;Durbin, Richard;Hurles, Matthew E.;Edwards, Paul A. W.;Bignell, Graham R.;Stratton, Michael R.;Futreal, P. Andrew
通讯作者：
Futreal, P. Andrew
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp208
发表时间：
2009-06-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Sindi S;Helman E;Bashir A;Raphael BJ
通讯作者：
Raphael BJ
DOI：
10.1126/science.1198056
发表时间：
2011-01-28
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Parsons DW;Li M;Zhang X;Jones S;Leary RJ;Lin JC;Boca SM;Carter H;Samayoa J;Bettegowda C;Gallia GL;Jallo GI;Binder ZA;Nikolsky Y;Hartigan J;Smith DR;Gerhard DS;Fults DW;VandenBerg S;Berger MS;Marie SK;Shinjo SM;Clara C;Phillips PC;Minturn JE;Biegel JA;Judkins AR;Resnick AC;Storm PB;Curran T;He Y;Rasheed BA;Friedman HS;Keir ST;McLendon R;Northcott PA;Taylor MD;Burger PC;Riggins GJ;Karchin R;Parmigiani G;Bigner DD;Yan H;Papadopoulos N;Vogelstein B;Kinzler KW;Velculescu VE
通讯作者：
Velculescu VE