Molecular basis for the wide range of affinity found in Csr/Rsm protein-RNA recognition.
Molecular basis for the wide range of affinity found in Csr/Rsm protein-RNA recognition.
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DOI：
10.1093/nar/gku141
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发表时间：
2014-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Allain FH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Duss O;Michel E;Diarra dit Konté N;Schubert M;Allain FH
碳储存调节剂/次级代谢调节剂（Csr/Rsm）类型的小非编码RNA（sRNA）在细菌中广泛存在，并且通过将全局翻译阻遏蛋白CsrA/RsmE与mRNA子集的核糖体结合位点隔离而起作用。尽管我们之前已经描述了与RsmE结合的高亲和力RNA靶标的分子基础，但仍然不知道其他低亲和力靶标如何被相同的蛋白质识别。在这里，我们已经确定了五个单独的GGA结合基序的荧光假单胞菌的sRNA RsmZ与RsmE复合的核磁共振溶液结构。这些结构解释了GGA结合基序的序列和结构背景的变化如何通过五个数量级（10 nM至13 mM，Kd）调节对RsmE的结合亲和力。此外，我们看到蛋白质侧链和RNA的构象适应使得相同蛋白质能够识别不同的RNA序列，从而有助于结合亲和力而不赋予特异性。总的来说，我们的研究结果说明了Csr/Rsm蛋白-RNA识别的可变性如何允许微调mRNA和sRNA之间对CsrA/RsmE蛋白的竞争。
The carbon storage regulator/regulator of secondary metabolism (Csr/Rsm) type of small non-coding RNAs (sRNAs) is widespread throughout bacteria and acts by sequestering the global translation repressor protein CsrA/RsmE from the ribosome binding site of a subset of mRNAs. Although we have previously described the molecular basis of a high affinity RNA target bound to RsmE, it remains unknown how other lower affinity targets are recognized by the same protein. Here, we have determined the nuclear magnetic resonance solution structures of five separate GGA binding motifs of the sRNA RsmZ of Pseudomonas fluorescens in complex with RsmE. The structures explain how the variation of sequence and structural context of the GGA binding motifs modulate the binding affinity for RsmE by five orders of magnitude (∼10 nM to ∼3 mM, Kd). Furthermore, we see that conformational adaptation of protein side-chains and RNA enable recognition of different RNA sequences by the same protein contributing to binding affinity without conferring specificity. Overall, our findings illustrate how the variability in the Csr/Rsm protein–RNA recognition allows a fine-tuning of the competition between mRNAs and sRNAs for the CsrA/RsmE protein.
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影响因子：
3.2
作者：
Heeb, S;Blumer, C;Haas, D
通讯作者：
Haas, D
影响因子：
2.9
作者：
FARROW, NA;MUHANDIRAM, R;KAY, LE
通讯作者：
KAY, LE
DOI：
10.1073/pnas.120163297
发表时间：
2000-06-06
影响因子：
11.1
作者：
Datsenko, KA;Wanner, BL
通讯作者：
Wanner, BL
影响因子：
64.8
作者：
Frederick, Kendra King;Marlow, Michael S.;Wand, A. Joshua
通讯作者：
Wand, A. Joshua
影响因子：
2.7
作者：
Koharudin, Leonardus M. I.;Boelens, Rolf;Gronenborn, Angela M.
通讯作者：
Gronenborn, Angela M.