Exome sequencing of extreme phenotypes identifies DCTN4 as a modifier of chronic Pseudomonas aeruginosa infection in cystic fibrosis.
Exome sequencing of extreme phenotypes identifies DCTN4 as a modifier of chronic Pseudomonas aeruginosa infection in cystic fibrosis.
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DOI：
10.1038/ng.2344
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发表时间：
2012-07-08
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Bamshad, Michael J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Emond, Mary J.;Louie, Tin;Emerson, Julia;Zhao, Wei;Mathias, Rasika A.;Knowles, Michael R.;Wright, Fred A.;Rieder, Mark J.;Tabor, Holly K.;Nickerson, Deborah A.;Barnes, Kathleen C.;Go, Lung;Gibson, Ronald L.;Bamshad, Michael J.
外显子组测序已成为发现孟德尔遗传病相关基因的有力和有效的策略。然而，使用外显子组测序来鉴定与复杂性状相关的变异更具挑战性，部分原因是足够功效所需的样本量可能非常大。一种提高效率的策略是对处于表型分布两端的个体进行测序（即，极端表型）。因为有助于性状的等位基因的频率在表型的一个或两个极端中富集，所以适度的样本量可以潜在地鉴定新的候选基因/等位基因。作为美国国家心肺血液研究所外显子组测序项目（ESP）的一部分，我们使用了一种极端的表型设计来发现编码动力蛋白的DCTN 4变体与囊性纤维化个体中首次铜绿假单胞菌（P. aeruginosa）气道感染、慢性铜绿假单胞菌感染和粘液样铜绿假单胞菌感染的时间相关（MIM 219700）。
Exome sequencing has become a powerful and effective strategy for discovery of genes underlying Mendelian disorders. However, use of exome sequencing to identify variants associated with complex traits has been more challenging, partly because the samples sizes needed for adequate power may be very large. One strategy to increase efficiency is to sequence individuals who are at both ends of a phenotype distribution (i.e., extreme phenotypes). Because the frequency of alleles that contribute to the trait are enriched in one or both extremes of phenotype, a modest sample size can potentially identify novel candidate genes/alleles. As part of the National Heart, Lung, and Blood Institute Exome Sequencing Project (ESP), we used an extreme phenotype design to discover that variants in DCTN4, encoding a dynactin protein, are associated with time to first Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) airway infection, chronic P. aeruginosa infection and mucoid P. aeruginosa among individuals with cystic fibrosis (MIM219700).
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