Phandango: an interactive viewer for bacterial population genomics.
Phandango: an interactive viewer for bacterial population genomics.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btx610
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发表时间：
2018-01-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Harris SR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hadfield J;Croucher NJ;Goater RJ;Abudahab K;Aanensen DM;Harris SR
要充分利用当前细菌种群基因组学数据集中的丰富数据，需要对数百或数千个分离株的数百万个碱基对进行综合和整合不同类型的分析。目前的方法经常使用系统发育、流行病学、统计和进化分析结果的静态表示，这些结果很难相互关联。Phandango是一个在web浏览器中运行的交互式应用程序，允许快速探索大规模人口基因组学数据集，并以直观和交互的方式结合多种基因组分析方法的输出。Phandango是一个免费的web应用程序，可在www.phandango.net上使用，其中包括各种数据集作为示例。源代码和详细的wiki页面可以在GitHub上获得https://github.com/jameshadfield/phandango。
Fully exploiting the wealth of data in current bacterial population genomics datasets requires synthesizing and integrating different types of analysis across millions of base pairs in hundreds or thousands of isolates. Current approaches often use static representations of phylogenetic, epidemiological, statistical and evolutionary analysis results that are difficult to relate to one another. Phandango is an interactive application running in a web browser allowing fast exploration of large-scale population genomics datasets combining the output from multiple genomic analysis methods in an intuitive and interactive manner. Phandango is a web application freely available for use at www.phandango.net and includes a diverse collection of datasets as examples. Source code together with a detailed wiki page is available on GitHub at https://github.com/jameshadfield/phandango.
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影响因子：
4.5
作者：
Chewapreecha C;Marttinen P;Croucher NJ;Salter SJ;Harris SR;Mather AE;Hanage WP;Goldblatt D;Nosten FH;Turner C;Turner P;Bentley SD;Parkhill J
通讯作者：
Parkhill J
影响因子：
5.8
作者：
Page, Andrew J.;Cummins, Carla A.;Parkhill, Julian
通讯作者：
Parkhill, Julian
影响因子：
14.9
作者：
Marttinen, Pekka;Hanage, William P.;Corander, Jukka
通讯作者：
Corander, Jukka
影响因子：
16.6
作者：
Lees, John A.;Vehkala, Minna;Valimaki, Niko;Harris, Simon R.;Chewapreecha, Claire;Croucher, Nicholas J.;Marttinen, Pekka;Davies, Mark R.;Steer, Andrew C.;Tong, Steven Y. C.;Honkela, Antti;Parkhill, Julian;Bentley, Stephen D.;Corander, Jukka
通讯作者：
Corander, Jukka
影响因子：
9.8
作者：
Purcell, Shaun;Neale, Benjamin;Sham, Pak C.
通讯作者：
Sham, Pak C.