Integrating genome assemblies with MAIA.
Integrating genome assemblies with MAIA.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq366
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发表时间：
2010-09-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
de Ridder D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nijkamp J;Winterbach W;van den Broek M;Daran JM;Reinders M;de Ridder D
动机：真核基因组与下一代测序数据的从头组装仍然是一项具有挑战性的任务。在过去的几年中，已经开发了几种汇编程序，通常适用于一种特定类型的测序数据。已知基因组的数量正在迅速增加，因此使用多个参考基因组进行组装项目成为可能。我们引入了一个组装集成器，利用所有可用的数据，即多个从头组装和映射对多个相关的基因组，通过优化加权组合的标准。结果：将该算法应用于酿酒酵母CEN.PK 113- 7 D菌株的从头测序。使用Solexa和454个读取数据，构建了两个从头和三个比较组件，随后整合，产生29个重叠群，覆盖超过12 Mbp;与单个组件相比，这是一个巨大的改进。可用性：马亚是一个Matlab软件包，可以从http://bioinformatics.tudelft.nl下载联系人：j.f. tudelft.nl
Motivation: De novo assembly of a eukaryotic genome with next-generation sequencing data is still a challenging task. Over the past few years several assemblers have been developed, often suitable for one specific type of sequencing data. The number of known genomes is expanding rapidly, therefore it becomes possible to use multiple reference genomes for assembly projects. We introduce an assembly integrator that makes use of all available data, i.e. multiple de novo assemblies and mappings against multiple related genomes, by optimizing a weighted combination of criteria. Results: The developed algorithm was applied on the de novo sequencing of the Saccharomyces cerevisiae CEN.PK 113-7D strain. Using Solexa and 454 read data, two de novo and three comparative assemblies were constructed and subsequently integrated, yielding 29 contigs, covering more than 12 Mbp; a drastic improvement compared with the single assemblies. Availability: MAIA is available as a Matlab package and can be downloaded from http://bioinformatics.tudelft.nl Contact: j.f.nijkamp@tudelft.nl
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来自非常短的读物的新型细菌基因组的基因促进组装。
影响因子：
4.3
作者：
Salzberg, Steven L.;Sommer, Daniel D.;Puiu, Daniela;Lee, Vincent T.
通讯作者：
Lee, Vincent T.
DOI：
10.1073/pnas.0508647102
发表时间：
2005-11-29
影响因子：
11.1
作者：
Hwang, D;Rust, AG;Bolouri, H
通讯作者：
Bolouri, H
影响因子：
64.8
作者：
Schacherer J;Shapiro JA;Ruderfer DM;Kruglyak L
通讯作者：
Kruglyak L
影响因子：
7
作者：
Li, Heng;Ruan, Jue;Durbin, Richard
通讯作者：
Durbin, Richard
影响因子：
5.8
作者：
Jeck, William R.;Reinhardt, Josephine A.;Jones, Corbin D.
通讯作者：
Jones, Corbin D.