CyanoPhyChe: a database for physico-chemical properties, structure and biochemical pathway information of cyanobacterial proteins.
CyanoPhyChe: a database for physico-chemical properties, structure and biochemical pathway information of cyanobacterial proteins.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0049425
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Prakash JS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Arun PV;Bakku RK;Subhashini M;Singh P;Prabhu NP;Suzuki I;Prakash JS
CyanoPhyChe是一个用户友好的数据库，可以浏览蓝藻蛋白质的物理化学性质，结构和生化途径信息。我们从蓝藻基因组数据库中下载了所有的蛋白质序列，用于计算物理化学性质，如分子量，蛋白质的净电荷，等电点，摩尔消光系数，溶解度的典型变量，总平均亲水性，脂肪族指数和带电残基的数量。根据蛋白质的理化性质，我们给出了蛋白质的极性、结构稳定性和进入包涵体的可能性。我们利用所有蓝藻蛋白质的理化性质、结构和生化途径信息来构建CyanoPhyChe。这些数据可用于优化蓝藻蛋白的表达和表征方法。此外，提供的“搜索”和数据导出选项将有助于蛋白质组分析。使用PSIPRED工具预测了所有蓝藻蛋白质的二级结构，并且所生成的数据可供研究蓝藻的研究人员使用。此外，还提供了到生物数据库（如PDB和KEGG）的外部链接，分别用于分子结构和生物化学途径信息。外部链接也提供了不同的蓝藻数据库。CyanoPhyChe可以从以下URL访问：http://bif.uohyd.ac.in/cpc。
CyanoPhyChe is a user friendly database that one can browse through for physico-chemical properties, structure and biochemical pathway information of cyanobacterial proteins. We downloaded all the protein sequences from the cyanobacterial genome database for calculating the physico-chemical properties, such as molecular weight, net charge of protein, isoelectric point, molar extinction coefficient, canonical variable for solubility, grand average hydropathy, aliphatic index, and number of charged residues. Based on the physico-chemical properties, we provide the polarity, structural stability and probability of a protein entering in to an inclusion body (PEPIB). We used the data generated on physico-chemical properties, structure and biochemical pathway information of all cyanobacterial proteins to construct CyanoPhyChe. The data can be used for optimizing methods of expression and characterization of cyanobacterial proteins. Moreover, the ‘Search’ and data export options provided will be useful for proteome analysis. Secondary structure was predicted for all the cyanobacterial proteins using PSIPRED tool and the data generated is made accessible to researchers working on cyanobacteria. In addition, external links are provided to biological databases such as PDB and KEGG for molecular structure and biochemical pathway information, respectively. External links are also provided to different cyanobacterial databases. CyanoPhyChe can be accessed from the following URL: http://bif.uohyd.ac.in/cpc.
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