Crystal structure of an HD-GYP domain cyclic-di-GMP phosphodiesterase reveals an enzyme with a novel trinuclear catalytic iron centre.
Crystal structure of an HD-GYP domain cyclic-di-GMP phosphodiesterase reveals an enzyme with a novel trinuclear catalytic iron centre.
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DOI：
10.1111/mmi.12447
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发表时间：
2014-01
影响因子：
3.6
通讯作者：
Walsh MA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bellini D;Caly DL;McCarthy Y;Bumann M;An SQ;Dow JM;Ryan RP;Walsh MA
双(3‘，5’)环二鸟苷(c-di-GMP)是一种重要的细菌第二信使，参与调节生物膜形成、运动和毒力等许多关键过程。细胞水平的c-di-GMP通过GGDEF结构域的二鸟苷环化酶的合成和两类带有EAL或HD-GYP结构域的磷酸二酯酶的降解来控制。在这里，我们已经确定了来自Persephella marina(PmGH)的一个具有酶活性的HD-Gyp结构域蛋白(PmGH)的结构，它与底物(c-di-GMP)和最终反应产物(GMP)形成络合物。这些结构揭示了一个新的三核铁结合部位，它与催化有关，并确定了参与识别c-di-GMP的残基。这种结构完整了c-di-GMP代谢涉及的所有结构域，并揭示了HD-Gyp家族分为两个不同的亚群，包含双核和三核金属中心。
Bis‐(3′,5′) cyclic di‐guanylate (c‐di‐GMP) is a key bacterial second messenger that is implicated in the regulation of many crucial processes that include biofilm formation, motility and virulence. Cellular levels of c‐di‐GMP are controlled through synthesis by GGDEF domain diguanylate cyclases and degradation by two classes of phosphodiesterase with EAL or HD‐GYP domains. Here, we have determined the structure of an enzymatically active HD‐GYP domain protein from Persephonella marina (PmGH) alone, in complex with substrate (c‐di‐GMP) and final reaction product (GMP). The structures reveal a novel trinuclear iron binding site, which is implicated in catalysis and identify residues involved in recognition of c‐di‐GMP. This structure completes the picture of all domains involved in c‐di‐GMP metabolism and reveals that the HD‐GYP family splits into two distinct subgroups containing bi‐ and trinuclear metal centres.
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DOI：
10.1016/j.str.2009.06.010
发表时间：
2009-08-12
期刊：
Structure (London, England : 1993)
影响因子：
--
作者：
Navarro MV;De N;Bae N;Wang Q;Sondermann H
通讯作者：
Sondermann H
影响因子：
64.8
作者：
Barends, Thomas R. M.;Hartmann, Elisabeth;Schlichting, Ilme
通讯作者：
Schlichting, Ilme
DOI：
10.1107/s0907444909042073
发表时间：
2010-01
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography
影响因子：
--
作者：
Chen VB;Arendall WB 3rd;Headd JJ;Keedy DA;Immormino RM;Kapral GJ;Murray LW;Richardson JS;Richardson DC
通讯作者：
Richardson DC
DOI：
10.1107/s0108768185002063
发表时间：
1985-01-01
期刊：
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION B-STRUCTURAL SCIENCE
影响因子：
--
作者：
BROWN, ID;ALTERMATT, D
通讯作者：
ALTERMATT, D
EAL结构域蛋白YCIR充当大肠杆菌生物膜对照中C-DI-GMP信号级联反应中的触发酶。
影响因子：
11.4
作者：
Lindenberg, Sandra;Klauck, Gisela;Pesavento, Christina;Klauck, Eberhard;Hengge, Regine
通讯作者：
Hengge, Regine