Molecular dynamics simulations of membrane channels and transporters.
Molecular dynamics simulations of membrane channels and transporters.
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DOI：
10.1016/j.sbi.2009.02.011
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发表时间：
2009-04
影响因子：
6.8
通讯作者：
Schulten, Klaus
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Khalili-Araghi, Fatemeh;Gumbart, James;Wen, Po-Chao;Sotomayor, Marcos;Tajkhorshid, Emad;Schulten, Klaus
膜运输是所有活细胞中最基本的过程之一，蛋白质是主要的参与者。蛋白质作为通道提供受环境因素控制的高选择性扩散途径，作为转运体提供定向的、能量消耗的上坡运输。通道和转运体的x射线晶体学提供了快速增长的原子分辨率结构，允许分子动力学（MD）模拟揭示通道和转运体功能的物理机制。如今，不断提高的计算能力允许模拟扩展到1 μsec，即生理相关的时间尺度。膜蛋白模拟目前主要集中在离子通道、水通道蛋白、蛋白质传导通道以及各种转运体上。在这篇综述中，我们总结了这一快速发展领域的最新发展。
Membrane transport constitutes one of the most fundamental processes in all living cells with proteins as major players. Proteins as channels provide highly selective diffusive pathways gated by environmental factors, and as transporters furnish directed, energetically uphill transport consuming energy. X-ray crystallography of channels and transporters furnishes a rapidly growing number of atomic resolution structures, permitting molecular dynamics (MD) simulations to reveal the physical mechanisms underlying channel and transporter function. Ever increasing computational power today permits simulations stretching up to 1 μsec, i.e., to physiologically relevant time scales. Membrane protein simulations presently focus on ion channels, on aquaporins, on protein-conducting channels, as well as on various transporters. In this review we summarize recent developments in this rapidly evolving field.
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影响因子：
15
作者：
Dehez, Francois;Pebay-Peyroula, Eva;Chipot, Christophe
通讯作者：
Chipot, Christophe
影响因子：
3.4
作者：
Celik, Leyla;Schiott, Birgit;Tajkhorshid, Ernad
通讯作者：
Tajkhorshid, Ernad
DOI：
10.1073/pnas.0802401105
发表时间：
2008-09-23
影响因子：
11.1
作者：
Jensen, Morten O.;Dror, Ron O.;Shaw, David E.
通讯作者：
Shaw, David E.
影响因子：
3.4
作者：
Huang, Xiaoqin;Zhan, Chang-Guo
通讯作者：
Zhan, Chang-Guo
影响因子：
15
作者：
Domene, Carmen;Klein, Michael L.;Parrinello, Michele
通讯作者：
Parrinello, Michele