SZGR 2.0: a one-stop shop of schizophrenia candidate genes.
SZGR 2.0: a one-stop shop of schizophrenia candidate genes.
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SZGR 2.0：精神分裂症候选基因的一站式商店。
DOI：
10.1093/nar/gkw902
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发表时间：
2017-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zhao Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jia P;Han G;Zhao J;Lu P;Zhao Z
SZGR 2.0是一个全面的精神分裂症候选变异和基因资源，涵盖遗传、表观遗传、转录组学、翻译和许多其他类型的证据。通过对多条证据线的系统回顾和整理，我们纳入了几乎所有与精神分裂症相关的变异和基因。特别是，我们收集了在全基因组关联研究中报道的~ 4200个常见变异，通过对家族样本进行大规模测序发现的~ 1000个新生突变，215个基因跨越罕见和复制拷贝数变异，99个基因与连锁区域重叠，240个差异表达基因，4651个差异甲基化基因和49个基因作为抗精神病药物靶点。为了便于解释，我们纳入了各种功能注释数据，特别是脑eQTL、甲基化QTL、脑区域和发育阶段深度分类的脑表达以及脑特异性启动子和增强子注释。此外，我们还对SZGR 2.0中存储的多维数据进行交叉研究、跨数据类型和综合分析，并通过用户友好的界面提供数据和结果。综上所述，SZGR 2.0提供了关于精神分裂症变异和基因及其功能和调控的一站式服务，为精神分裂症和其他精神疾病社区提供了重要资源。SZGR 2.0可从https://bioinfo.uth.edu/SZGR/获得。
SZGR 2.0 is a comprehensive resource of candidate variants and genes for schizophrenia, covering genetic, epigenetic, transcriptomic, translational and many other types of evidence. By systematic review and curation of multiple lines of evidence, we included almost all variants and genes that have ever been reported to be associated with schizophrenia. In particular, we collected ∼4200 common variants reported in genome-wide association studies, ∼1000 de novo mutations discovered by large-scale sequencing of family samples, 215 genes spanning rare and replication copy number variations, 99 genes overlapping with linkage regions, 240 differentially expressed genes, 4651 differentially methylated genes and 49 genes as antipsychotic drug targets. To facilitate interpretation, we included various functional annotation data, especially brain eQTL, methylation QTL, brain expression featured in deep categorization of brain areas and developmental stages and brain-specific promoter and enhancer annotations. Furthermore, we conducted cross-study, cross-data type and integrative analyses of the multidimensional data deposited in SZGR 2.0, and made the data and results available through a user-friendly interface. In summary, SZGR 2.0 provides a one-stop shop of schizophrenia variants and genes and their function and regulation, providing an important resource in the schizophrenia and other mental disease community. SZGR 2.0 is available at https://bioinfo.uth.edu/SZGR/.
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DOI：
10.1192/bjp.bp.113.131052
发表时间：
2014-02
期刊：
The British journal of psychiatry : the journal of mental science
影响因子：
--
作者：
Rees E;Walters JT;Georgieva L;Isles AR;Chambert KD;Richards AL;Mahoney-Davies G;Legge SE;Moran JL;McCarroll SA;O'Donovan MC;Owen MJ;Kirov G
通讯作者：
Kirov G
影响因子：
25
作者：
Hannon E;Spiers H;Viana J;Pidsley R;Burrage J;Murphy TM;Troakes C;Turecki G;O'Donovan MC;Schalkwyk LC;Bray NJ;Mill J
通讯作者：
Mill J
影响因子：
48
作者：
Marbach D;Lamparter D;Quon G;Kellis M;Kutalik Z;Bergmann S
通讯作者：
Bergmann S
DOI：
10.1126/science.1262110
发表时间：
2015-05-08
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
GTEx Consortium
通讯作者：
GTEx Consortium
GWASdb v2：通过全基因组关联研究确定的人类遗传变异的更新数据库。
影响因子：
14.9
作者：
Li MJ;Liu Z;Wang P;Wong MP;Nelson MR;Kocher JP;Yeager M;Sham PC;Chanock SJ;Xia Z;Wang J
通讯作者：
Wang J