CAIcal: a combined set of tools to assess codon usage adaptation.
CAIcal: a combined set of tools to assess codon usage adaptation.
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DOI：
10.1186/1745-6150-3-38
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发表时间：
2008-09-16
期刊：
影响因子：
5.5
通讯作者：
Garcia-Vallve, Santiago
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Puigbo, Pere;Bravo, Ignacio G.;Garcia-Vallve, Santiago
密码子适应指数（CAI）最初是用来衡量DNA或RNA序列的同义密码子使用偏好的。CAI量化了基因的同义密码子使用与参考集的同义密码子频率之间的相似性。我们在这里描述CAIcal，一个Web服务器，包括一套完整的实用程序与CAI。该服务器提供有用的重要功能，例如CAI的计算和图形表示沿着单个序列或翻译为DNA的蛋白质多序列比对。CAI及其期望值的自动计算也包括作为CAIcal工具之一。该软件也可以作为独立应用程序免费下载，供本地使用。CAIcal服务器提供了一套完整的工具来评估密码子使用适应性并帮助基因组注释。本文由Purificación López-García，Dan Graur，Rob Knight和Shamil Sunyaev审阅。
The Codon Adaptation Index (CAI) was first developed to measure the synonymous codon usage bias for a DNA or RNA sequence. The CAI quantifies the similarity between the synonymous codon usage of a gene and the synonymous codon frequency of a reference set. We describe here CAIcal, a web-server available at that includes a complete set of utilities related with the CAI. The server provides useful important features, such as the calculation and graphical representation of the CAI along either an individual sequence or a protein multiple sequence alignment translated to DNA. The automated calculation of CAI and its expected value is also included as one of the CAIcal tools. The software is also free to be downloaded as a standalone application for local use. The CAIcal server provides a complete set of tools to assess codon usage adaptation and to help in genome annotation. This article was reviewed by Purificación López-García, Dan Graur, Rob Knight and Shamil Sunyaev.
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影响因子：
5
作者：
Hughes, AL;Hughes, MAK
通讯作者：
Hughes, MAK
影响因子：
14.9
作者：
Puigbò P;Romeu A;Garcia-Vallvé S
通讯作者：
Garcia-Vallvé S
影响因子：
14.9
作者：
Nakamura, Y;Gojobori, T;Ikemura, T
通讯作者：
Ikemura, T
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作者：
Garcia-Vallvé, S;Palau, J;Romeu, A
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Romeu, A
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5
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Zhao, KN;Liu, WJ;Frazer, IH
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