Assembly complexity of prokaryotic genomes using short reads.
Assembly complexity of prokaryotic genomes using short reads.
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DOI：
10.1186/1471-2105-11-21
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发表时间：
2010-01-12
影响因子：
3
通讯作者：
Pop M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kingsford C;Schatz MC;Pop M
De Bruijn 图是几个现代基因组组装程序的理论框架，特别是那些处理非常短的读数的程序。我们描述了 de Bruijn 图的应用来分析原核基因组的全局重复结构。我们首次对大量基因组的重复结构进行了调查。该分析给出了基因组组装器在各种读长范围内从头重建基因组的性能上限。此外，我们证明原核基因组中的大多数基因可以使用非常短的读取来独特地重建，即使基因组本身不能。不可重构基因绝大多数与移动元件（转座子、IS元件和原噬菌体）相关。我们的结果改进了之前关于短读组装可行性的研究，并提供了一个全面的基准来比较当前正在开发的短读组装器的性能。
De Bruijn graphs are a theoretical framework underlying several modern genome assembly programs, especially those that deal with very short reads. We describe an application of de Bruijn graphs to analyze the global repeat structure of prokaryotic genomes. We provide the first survey of the repeat structure of a large number of genomes. The analysis gives an upper-bound on the performance of genome assemblers for de novo reconstruction of genomes across a wide range of read lengths. Further, we demonstrate that the majority of genes in prokaryotic genomes can be reconstructed uniquely using very short reads even if the genomes themselves cannot. The non-reconstructible genes are overwhelmingly related to mobile elements (transposons, IS elements, and prophages). Our results improve upon previous studies on the feasibility of assembly with short reads and provide a comprehensive benchmark against which to compare the performance of the short-read assemblers currently being developed.
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影响因子：
7
作者：
Chaisson, Mark J.;Pevzner, Pavel A.
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.
DOI：
10.1089/cmb.1995.2.291
发表时间：
1995-01-01
期刊：
Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
影响因子：
--
作者：
Idury, R M;Waterman, M S
通讯作者：
Waterman, M S
影响因子：
7
作者：
Chaisson, Mark J.;Brinza, Dumitru;Pevzner, Pavel A.
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.
影响因子：
5.8
作者：
Myers, EW
通讯作者：
Myers, EW
影响因子：
5.8
作者：
Jeck, William R.;Reinhardt, Josephine A.;Jones, Corbin D.
通讯作者：
Jones, Corbin D.