DBTSS: database of transcription start sites, progress report 2008.
DBTSS: database of transcription start sites, progress report 2008.
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DBTSS：转录起始站点数据库，2008年进度报告。
DOI：
10.1093/nar/gkm901
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发表时间：
2008-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Nakai K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wakaguri H;Yamashita R;Suzuki Y;Sugano S;Nakai K
DBTSS 是一个转录起始位点数据库，基于我们独特的精确、实验确定的全长 cDNA 5' 端序列集合。自 2002 年首次发布以来，已经进行了多次重大更新。在此更新中，我们将人类转录起始位点数据集扩展了 1900 万个独特映射的、与 RefSeq 相关的 5' 端序列，这些序列是由新引入的 Solexa 测序仪生成的。此外，为了提供解释这些大量 TSS 数据的方法，我们实施了两种新的分析工具：一种用于将表达信息与预测的转录因子结合位点连接起来；另一种用于将表达信息与预测的转录因子结合位点连接起来。另一个用于检查启动子和转录本的进化保守性或物种特异性，可以通过我们自己的比较基因组查看器进行浏览。凭借扩展的数据集和增强的功能，DBTSS 提供了一个独特的平台，可实现深入的转录组分析。 DBTSS 可通过 http://dbtss.hgc.jp/ 访问。
DBTSS is a database of transcriptional start sites, based on our unique collection of precise, experimentally determined 5′-end sequences of full-length cDNAs. Since its first release in 2002, several major updates have been made. In this update, we expanded the human transcriptional start site dataset by 19 million uniquely mapped, and RefSeq-associated, 5′-end sequences, which were generated by a newly introduced Solexa sequencer. Moreover, in order to provide means for interpreting those massive TSS data, we implemented two new analytical tools: one for connecting expression information with predicted transcription factor binding sites; the other for examining evolutionary conservation or species-specificity of promoters and transcripts, which can be browsed by our own comparative genome viewer. With the expanded dataset and the enhanced functionalities, DBTSS provides a unique platform that enables in-depth transcriptome analyses. DBTSS is accessible at http://dbtss.hgc.jp/.
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