Methods for qPCR gene expression profiling applied to 1440 lymphoblastoid single cells.
Methods for qPCR gene expression profiling applied to 1440 lymphoblastoid single cells.
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DOI：
10.1016/j.ymeth.2012.10.004
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发表时间：
2013-01
期刊：
影响因子：
4.8
通讯作者：
Holmes, Chris C.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Livak, Kenneth J.;Wills, Quin F.;Tipping, Alex J.;Datta, Krishnalekha;Mittal, Rowena;Goldson, Andrew J.;Sexton, Darren W.;Holmes, Chris C.
关键词：
微流控阵列可对1440个单细胞进行96次qPCR分析。►qPCR数据获取及初步数据处理的详细方法。►来自足够细胞的数据，以解决单细胞转录中固有的噪音。传统qPCR的方法不一定适用于单细胞qPCR。生成真核转录物的随机性挑战了获取和分析单细胞基因表达数据的传统方法。为了解决固有的噪声，详细介绍了如何利用微流体阵列收集大量单细胞中多个基因的数据。作为一项探索基因型对Wnt通路激活影响的研究的一部分，我们收集了1440个淋巴母细胞样细胞的96次qPCR检测数据。方法的描述包括初步的数据处理步骤。收集和分析单细胞qPCR数据的方法与传统qPCR的方法进行了对比。
► Microfluidic arrays enable analysis of 96 qPCR assays on 1440 single cells. ► Detailed methods on obtaining qPCR data and performing preliminary data processing. ► Data from sufficient cells to address noise inherent in single-cell transcription. ► Methods used for conventional qPCR do not necessarily apply to single-cell qPCR. The stochastic nature of generating eukaryotic transcripts challenges conventional methods for obtaining and analyzing single-cell gene expression data. In order to address the inherent noise, detailed methods are described on how to collect data on multiple genes in a large number of single cells using microfluidic arrays. As part of a study exploring the effect of genotype on Wnt pathway activation, data were collected for 96 qPCR assays on 1440 lymphoblastoid cells. The description of methods includes preliminary data processing steps. The methods used in the collection and analysis of single-cell qPCR data are contrasted with those used in conventional qPCR.
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