Is the growth rate of Protein Data Bank sufficient to solve the protein structure prediction problem using template-based modeling?
Is the growth rate of Protein Data Bank sufficient to solve the protein structure prediction problem using template-based modeling?
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蛋白质数据库的增长速度足以解决使用基于模板的建模的蛋白质结构预测问题吗？
DOI：
10.1515/bams-2014-0024
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发表时间：
2015
影响因子：
1.2
通讯作者：
Michal Brylinski
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Michal Brylinski
蛋白质数据库（PDB）每年存储的大分子结构的数量呈指数级增长。一个关键的问题是，结构信息的快速增长如何提高当代生物信息学方法构建的三维模型的质量。为了解决这个问题，我们进行了一个具有代表性的一组蛋白质的结构覆盖使用远程同源性检测COMPASS和HHpred的回顾性分析。我们发现，在2005年至2014年的9年期间，仅由于PDB的增长，其结构可以自信地预测的蛋白质数量就增加了。然而，这一令人鼓舞的趋势在2008年前后明显放缓，此后取得的进展微不足道。以目前的速度，这是不太可能的蛋白质结构预测问题将在不久的将来解决使用现有的基于模板的建模技术。因此，迫切需要在实验结构确定方面取得进一步进展，在折叠识别方面采用更好的定性方法，以及更准确的无模板结构预测方法。
Abstract The Protein Data Bank (PDB) undergoes an exponential expansion in terms of the number of macromolecular structures deposited every year. A pivotal question is how this rapid growth of structural information improves the quality of three-dimensional models constructed by contemporary bioinformatics approaches. To address this problem, we performed a retrospective analysis of the structural coverage of a representative set of proteins using remote homology detected by COMPASS and HHpred. We show that the number of proteins whose structures can be confidently predicted increased during a 9-year period between 2005 and 2014 on account of the PDB growth alone. Nevertheless, this encouraging trend slowed down noticeably around the year 2008 and has yielded insignificant improvements ever since. At the current pace, it is unlikely that the protein structure prediction problem will be solved in the near future using existing template-based modeling techniques. Therefore, further advances in experimental structure determination, qualitatively better approaches in fold recognition, and more accurate template-free structure prediction methods are desperately needed.
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DOI：
10.1073/pnas.0509379103
发表时间：
2006-02-21
影响因子：
11.1
作者：
Zhang, Y;Hubner, IA;Skolnick, J
通讯作者：
Skolnick, J
DOI：
10.1073/pnas.0407152101
发表时间：
2005-01-25
影响因子：
11.1
作者：
Zhang, Y;Skolnick, J
通讯作者：
Skolnick, J
影响因子：
5.6
作者：
Honig, B
通讯作者：
Honig, B
DOI：
10.2174/138620711795767811
发表时间：
2011-07-01
影响因子：
1.8
作者：
Liu, Tianyun;Tang, Grace W.;Capriotti, Emidio
通讯作者：
Capriotti, Emidio
影响因子：
6.8
作者：
Zhang, Yang
通讯作者：
Zhang, Yang