The role of the C-terminal helix of U1A protein in the interaction with U1hpII RNA.
The role of the C-terminal helix of U1A protein in the interaction with U1hpII RNA.
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DOI：
10.1093/nar/gkt326
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发表时间：
2013-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Laird-Offringa IA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Law MJ;Lee DS;Lee CS;Anglim PP;Haworth IS;Laird-Offringa IA
先前对 U1 小核核糖核蛋白颗粒 (U1A) 剪接体 A 蛋白的 N 末端 RNA 识别基序 (RRM) 结构域与其 RNA 靶标 U1 发夹 II (U1hpII) 相互作用的动力学研究为“引诱和锁定”结合模型提供了实验证据。锁定的最后一步被认为涉及紧邻 RRM 结构域 C 端的 α 螺旋（螺旋 C）的构象变化，从而封闭未结合蛋白中的 RNA 结合表面。螺旋 C 必须改变其位置以适应 RNA-蛋白质复合物中的 RNA 结合。这导致了新的疏水核心、蛋白内氢键以及 U1A 和 U1hpII 之间的四重堆积相互作用。在这里，我们使用基于表面等离子共振的生物传感器来深入了解螺旋 C 在介导与 U1hpII 相互作用中的作用。螺旋的截断、去除或破坏暴露了RNA结合表面，导致结合率增加，同时降低了复合物的锁定能力，反映在复合物稳定性的丧失。与去除蛋白质内氢键相比，四重堆积相互作用的破坏具有较小的动力学效应。这些数据为 RRM C 端序列影响 RNA 结合的机制提供了新的见解。
Previous kinetic investigations of the N-terminal RNA Recognition Motif (RRM) domain of spliceosomal A protein of the U1 small nuclear ribonucleoprotein particle (U1A) interacting with its RNA target U1 hairpin II (U1hpII) provided experimental evidence for a ‘lure and lock’ model of binding. The final step of locking has been proposed to involve conformational changes in an α-helix immediately C-terminal to the RRM domain (helix C), which occludes the RNA binding surface in the unbound protein. Helix C must shift its position to accommodate RNA binding in the RNA–protein complex. This results in a new hydrophobic core, an intraprotein hydrogen bond and a quadruple stacking interaction between U1A and U1hpII. Here, we used a surface plasmon resonance-based biosensor to gain mechanistic insight into the role of helix C in mediating the interaction with U1hpII. Truncation, removal or disruption of the helix exposes the RNA-binding surface, resulting in an increase in the association rate, while simultaneously reducing the ability of the complex to lock, reflected in a loss of complex stability. Disruption of the quadruple stacking interaction has minor kinetic effects when compared with removal of the intraprotein hydrogen bonds. These data provide new insights into the mechanism whereby sequences C-terminal to an RRM can influence RNA binding.
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影响因子：
5.6
作者：
Deka, P;Rajan, PK;Varani, G
通讯作者：
Varani, G
影响因子：
8
作者：
Kranz, JK;Lu, JR;Hall, KB
通讯作者：
Hall, KB
DOI：
10.1073/pnas.0500888102
发表时间：
2005-03-15
影响因子：
11.1
作者：
Guallar, V;Borrelli, KW
通讯作者：
Borrelli, KW
影响因子：
11.4
作者：
Benecke, H;Lührmann, R;Will, CL
通讯作者：
Will, CL
影响因子：
5.6
作者：
Avis, JM;Allain, FHT;Neuhaus, D
通讯作者：
Neuhaus, D