Robust design and optimization of retroaldol enzymes.
Robust design and optimization of retroaldol enzymes.
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DOI：
10.1002/pro.2059
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发表时间：
2012-05
期刊：
影响因子：
8
通讯作者：
Baker, David
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Althoff, Eric A.;Wang, Ling;Jiang, Lin;Giger, Lars;Lassila, Jonathan K.;Wang, Zhizhi;Smith, Matthew;Hari, Sanjay;Kast, Peter;Herschlag, Daniel;Hilvert, Donald;Baker, David
关键词：
反式羟醛缩合反应的酶催化剂是通过计算设计产生的，该基序将非极性环境中的赖氨酸与水介导的甲醇胺羟基和β-羟基的稳定结合在一起。在这里，我们展示了设计过程是健壮的和可重复的，33个新的活跃设计构建在13个不同的蛋白质支架骨架上。最初的活性不高，但通过定点突变和实验室进化提高了活性。突变数据突出了设计中需要改进的领域。不同的催化剂设计得到不同的硼氢化物还原反应中间体，这表明所设计的酶的性质分布是可以进一步探索和利用的。
Enzyme catalysts of a retro-aldol reaction have been generated by computational design using a motif that combines a lysine in a non-polar environment with water-mediated stabilization of the carbinolamine hydroxyl and β-hydroxyl groups. Here we show that the design process is robust and repeatable, with 33 new active designs constructed on 13 different protein scaffold backbones. The initial activities are not high but are increased through site-directed mutagenesis and laboratory evolution. Mutational data highlight areas for improvement in design. Different designed catalysts give different borohydride-reduced reaction intermediates, suggesting a distribution of properties of the designed enzymes that may be further explored and exploited.
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DOI：
10.1073/pnas.0404387101
发表时间：
2004-08-10
影响因子：
11.1
作者：
Kaplan, J;DeGrado, WF
通讯作者：
DeGrado, WF
DOI：
10.1073/pnas.95.26.15351
发表时间：
1998-12-22
影响因子：
11.1
作者：
List, B;Barbas, CF;Lerner, RA
通讯作者：
Lerner, RA
影响因子：
56.9
作者：
WAGNER, J;LERNER, RA;BARBAS, CF
通讯作者：
BARBAS, CF
影响因子：
5.6
作者：
Khersonsky, Olga;Rothlisberger, Daniela;Tawfik, Dan S.
通讯作者：
Tawfik, Dan S.
DOI：
10.1073/pnas.251555398
发表时间：
2001-12-04
影响因子：
11.1
作者：
Bolon, DN;Mayo, SL
通讯作者：
Mayo, SL