Deciphering the epitranscriptome: A green perspective.
Deciphering the epitranscriptome: A green perspective.
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DOI：
10.1111/jipb.12483
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发表时间：
2016-10
影响因子：
11.4
通讯作者：
Searle IR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Burgess A;David R;Searle IR
高通量测序技术的出现加上RNA修饰的新检测方法，使得研究新的基因调控层-表位转录组成为可能。已知的RNA修饰超过100种，了解RNA修饰的全部功能是一项艰巨的任务。这篇综述总结了已知的RNA修饰，重点是在植物中的发现。RNA核糖修饰、碱基甲基化和假尿苷化是拟南芥正常发育所必需的，因为修饰它们的酶的突变对植物发育和胁迫反应具有不同的影响。这些修饰可以调节RNA的结构、周转和翻译。转移RNA和核糖体RNA修饰已被广泛绘制，并在许多生物体，包括植物中研究其功能。最近的工作探索的位置，功能和N6-甲基腺苷（m6 A），5-甲基胞嘧啶（m5 C），假尿苷（pseudouridine）的靶向，并在mRNA和ncRNA的其他修饰突出显示，以及那些以前已知的tRNA和rRNA。关于特定修饰位点的靶向和功能的确切机制以及这些修饰在不同类别的RNA中是否具有不同的功能，仍然存在许多问题。
The advent of high‐throughput sequencing technologies coupled with new detection methods of RNA modifications has enabled investigation of a new layer of gene regulation − the epitranscriptome. With over 100 known RNA modifications, understanding the repertoire of RNA modifications is a huge undertaking. This review summarizes what is known about RNA modifications with an emphasis on discoveries in plants. RNA ribose modifications, base methylations and pseudouridylation are required for normal development in Arabidopsis, as mutations in the enzymes modifying them have diverse effects on plant development and stress responses. These modifications can regulate RNA structure, turnover and translation. Transfer RNA and ribosomal RNA modifications have been mapped extensively and their functions investigated in many organisms, including plants. Recent work exploring the locations, functions and targeting of N6‐methyladenosine (m6A), 5‐methylcytosine (m5C), pseudouridine (Ψ), and additional modifications in mRNAs and ncRNAs are highlighted, as well as those previously known on tRNAs and rRNAs. Many questions remain as to the exact mechanisms of targeting and functions of specific modified sites and whether these modifications have distinct functions in the different classes of RNAs.
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