Nanopore adaptive sampling: a tool for enrichment of low abundance species in metagenomic samples.
Nanopore adaptive sampling: a tool for enrichment of low abundance species in metagenomic samples.
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DOI：
10.1186/s13059-021-02582-x
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发表时间：
2022-01-24
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Leggett RM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Martin S;Heavens D;Lan Y;Horsfield S;Clark MD;Leggett RM
自适应采样是纳米孔测序平台特有的一种软件控制的浓缩方法。为了测试它在元基因组样本中丰富稀有物种的潜力，我们创建了一个合成模拟社区，并构建了具有一定平均阅读长度范围的测序文库。对于最长阅读长度文库中丰度最低的物种，浓缩倍数高达13.87倍；考虑到拒绝分子导致的产量减少，计算效率将其提高到4.93倍。最后，我们介绍了一个基于分子长度和相对丰度的浓缩数学模型，其预测与模拟和复杂的真实世界微生物群落密切相关。网上版载有补充材料，可在10.1186/s13059-021-02582-x查阅。
Adaptive sampling is a method of software-controlled enrichment unique to nanopore sequencing platforms. To test its potential for enrichment of rarer species within metagenomic samples, we create a synthetic mock community and construct sequencing libraries with a range of mean read lengths. Enrichment is up to 13.87-fold for the least abundant species in the longest read length library; factoring in reduced yields from rejecting molecules the calculated efficiency raises this to 4.93-fold. Finally, we introduce a mathematical model of enrichment based on molecule length and relative abundance, whose predictions correlate strongly with mock and complex real-world microbial communities. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-021-02582-x.
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DOI：
10.1111/tpj.12307
发表时间：
2013-11
期刊：
The Plant journal : for cell and molecular biology
影响因子：
--
作者：
Jupe F;Witek K;Verweij W;Sliwka J;Pritchard L;Etherington GJ;Maclean D;Cock PJ;Leggett RM;Bryan GJ;Cardle L;Hein I;Jones JD
通讯作者：
Jones JD
影响因子：
7
作者：
Kielbasa, Szymon M.;Wan, Raymond;Frith, Martin C.
通讯作者：
Frith, Martin C.
影响因子：
46.9
作者：
Kolmogorov, Mikhail;Yuan, Jeffrey;Pevzner, Pavel A.
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.
影响因子：
5.8
作者：
Li, Heng
通讯作者：
Li, Heng
影响因子：
5.8
作者：
Mineeva, Olga;Rojas-Carulla, Mateo;Youngblut, Nicholas D.
通讯作者：
Youngblut, Nicholas D.