Transcriptome-scale RNase-footprinting of RNA-protein complexes.
Transcriptome-scale RNase-footprinting of RNA-protein complexes.
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DOI：
10.1038/nbt.3441
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发表时间：
2016-04
影响因子：
46.9
通讯作者：
Struhl K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ji Z;Song R;Huang H;Regev A;Struhl K
核糖体图谱被广泛用于研究体内翻译，但并不是所有的序列读数都对应于核糖体保护的RNA。在这里，我们开发了RFoot，这是一个计算管道，它分析核糖体图谱数据，并在同一样本中识别天然的非核糖体RNA-蛋白质复合体。我们使用RFoot精确地定位了人类细胞中小核仁RNA、剪接小体RNAs、microRNAs、tRNAs、长非编码(LNC)RNAs和mRNAs的3‘’非翻译区中的RNase保护区。我们证明了同一类RNA可以表现出不同的复联想。虽然只有一小部分LncRNA显示了RNase足迹，但其中许多都有多个足迹，并且受保护的区域在进化上是保守的，提示了生物功能。
Ribosome profiling is widely used to study translation in vivo, but not all sequence reads correspond to ribosome-protected RNA. Here, we develop Rfoot, a computational pipeline that analyzes ribosomal profiling data and identifies native, non-ribosomal RNA-protein complexes in the same sample.. We use Rfoot to precisely map RNase-protected regions within small nucleolar RNAs, spliceosomal RNAs, microRNAs, tRNAs, long noncoding (lnc) RNAs, and 3’ˊ untranslated regions of mRNAs in human cells. We show that RNAs of the same class can show differential complex association. Although only a subset of lncRNAs show RNase footprints, many of these have multiple footprints, and the protected regions are evolutionarily conserved, suggestive of biological functions.