In vivo discovery of RNA proximal proteins via proximity-dependent biotinylation.
In vivo discovery of RNA proximal proteins via proximity-dependent biotinylation.
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通过近端依赖性生物素化对RNA近端蛋白的体内发现。
DOI：
10.1080/15476286.2021.1917215
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发表时间：
2021-12
期刊：
影响因子：
4.1
通讯作者：
Lawrenson K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lin X;Fonseca MAS;Breunig JJ;Corona RI;Lawrenson K
RNA分子作为信使RNA （mrna）编码蛋白质和非编码转录物，作为衔接分子、结构成分和基因组组织和基因表达的调节剂。它们的功能和调控主要由RNA结合蛋白（rbp）介导。在这里，我们提出了RNA接近标记（RPL），这是一种以RNA为中心的方法，包括将核酸内切酶缺陷型VI CRISPR-Cas蛋白dCas13b融合到工程抗坏血酸过氧化物酶APEX2上。RPL在体内通过基于接近度的生物素化发现靶RNA近端蛋白。应用于U1的RPL鉴定了参与U1规范和非规范功能的蛋白质。poly(A)尾部近端蛋白的分析揭示了rbp的预期类别，并为poly(A)+ RNA的5′-3′邻近性和未探索的亚细胞定位提供了额外的证据。我们的研究结果表明，RPL允许在天然细胞环境中快速鉴定靶RNA结合蛋白，并有望为发现对健康和疾病重要的新型RNA -蛋白相互作用铺平道路。
RNA molecules function as messenger RNAs (mRNAs) that encode proteins and noncoding transcripts that serve as adaptor molecules, structural components, and regulators of genome organization and gene expression. Their function and regulation are largely mediated by RNA binding proteins (RBPs). Here we present RNA proximity labelling (RPL), an RNA-centric method comprising the endonuclease-deficient Type VI CRISPR-Cas protein dCas13b fused to engineered ascorbate peroxidase APEX2. RPL discovers target RNA proximal proteins in vivo via proximity-based biotinylation. RPL applied to U1 identified proteins involved in both U1 canonical and noncanonical functions. Profiling of poly(A) tail proximal proteins uncovered expected categories of RBPs and provided additional evidence for 5ʹ-3ʹ proximity and unexplored subcellular localizations of poly(A)+ RNA. Our results suggest that RPL allows rapid identification of target RNA binding proteins in native cellular contexts, and is expected to pave the way for discovery of novel RNA–protein interactions important for health and disease.
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影响因子：
4.5
作者：
Cai, XZ;Hagedorn, CH;Cullen, BR
通讯作者：
Cullen, BR
影响因子：
16
作者：
Caudron-Herger, Maiwen;Rusin, Scott F.;Diederichs, Sven
通讯作者：
Diederichs, Sven
影响因子：
64.8
作者：
Abudayyeh OO;Gootenberg JS;Essletzbichler P;Han S;Joung J;Belanto JJ;Verdine V;Cox DBT;Kellner MJ;Regev A;Lander ES;Voytas DF;Ting AY;Zhang F
通讯作者：
Zhang F
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
82.9
作者：
通讯作者：
--