GridMol2 .0: Implementation and application of linear‐scale quantum mechanics methods and molecular visualization
GridMol2 .0: Implementation and application of linear‐scale quantum mechanics methods and molecular visualization
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GridMol2 .0：线性尺度量子力学方法和分子可视化的实现和应用
DOI：
10.1002/qua.26402
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发表时间：
2020-12
影响因子：
2.2
通讯作者：
Zhong Jin
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Baohua Zhang;Yingjin Ma;Xinsheng Jin;Ying Wang;Bingbing Suo;Xiao He;Zhong Jin
GridMol是一个由高性能计算环境辅助的分子结构构建、科学计算和分子可视化的“一站式”平台。GridMol 2.0版引入了两个独特的功能：第一个是基于片段的线性比例量子化学方法，如带共轭帽子的分子分馏和片段分子轨道方法；第二个是GridMol使用户能够通过几何优化和本征反应坐标计算可视化分子几何。与1.0版相比，在GridMol 2.0版中实现的基于片段的线性标度量子化学方法可以作为一种有用的工具来执行大分子系统的量子计算，以探索蛋白质-配体或靶向药物相互作用的机制。
GridMol is a “one‐stop” platform for molecular structure building, scientific computing, and molecular visualization aided by a high‐performance computing environment. GridMol version 2.0 introduces two unique features: the first is fragment‐based linear‐scaling quantum chemistry methods, such as molecular fractionation with conjugate caps and fragment molecular orbital methods; the second is that GridMol enables users to visualize molecular geometries along a geometry optimization and an intrinsic reaction coordinate calculation. Compared with version 1.0, fragment‐based linear‐scaling quantum chemistry methods implemented in GridMol version 2.0 can be used as a useful tool for performing quantum calculations for large molecular systems to explore the mechanisms involved in protein‐ligand or targeted drug interactions.
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