CIRI: an efficient and unbiased algorithm for de novo circular RNA identification.
CIRI: an efficient and unbiased algorithm for de novo circular RNA identification.
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CIRI：一种高效、公正的环状 RNA 从头识别算法
DOI：
10.1186/s13059-014-0571-3
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发表时间：
2015-01-13
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Zhao F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gao Y;Wang J;Zhao F
近年来的研究表明，环状RNA （circular RNA, circRNAs）是一类丰富、稳定、普遍存在于动物体内的新型非编码RNA分子。从高通量转录组数据中全面检测环状rna是研究其生物发生和功能的关键一步。在这里，我们提出了一种新的基于交错剪切信号的算法CIRI，通过采用多种过滤策略，从转录组数据中无偏且准确地检测环状rna。通过将CIRI应用于ENCODE RNA-seq数据，我们首次鉴定并实验验证了内含子/基因间环状rna及其在人类转录组中的特异性片段的普遍存在。
Recent studies reveal that circular RNAs (circRNAs) are a novel class of abundant, stable and ubiquitous noncoding RNA molecules in animals. Comprehensive detection of circRNAs from high-throughput transcriptome data is an initial and crucial step to study their biogenesis and function. Here, we present a novel chiastic clipping signal-based algorithm, CIRI, to unbiasedly and accurately detect circRNAs from transcriptome data by employing multiple filtration strategies. By applying CIRI to ENCODE RNA-seq data, we for the first time identify and experimentally validate the prevalence of intronic/intergenic circRNAs as well as fragments specific to them in the human transcriptome.
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