A genome-wide relay of signalling-responsive enhancers drives hematopoietic specification
A genome-wide relay of signalling-responsive enhancers drives hematopoietic specification
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信号响应增强子的全基因组中继驱动造血规范
DOI：
10.1101/2022.03.22.485307
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Edginton-White B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Edginton-White B
基因表达的发育控制关键取决于远端顺式调控元件，包括与启动子相互作用以激活基因表达的增强子。到目前为止，还没有进行全球性的实验，以确定他们的细胞类型和细胞阶段的特定活动在一个发育途径和染色质的情况下。在这里，我们描述了一种高通量的方法，确定了成千上万的差异活性顺式元件能够刺激最小的启动子在造血祖细胞发育的五个阶段，从胚胎干细胞（ES）细胞，它可以适应任何ES细胞衍生的细胞类型。我们表明，血细胞特异性基因表达是由成千上万的分化阶段特异性的顺式元件，响应于细胞因子信号终止于信号响应转录因子的协同作用。我们的工作为造血特化的研究提供了重要的资源，并突出了外部信号如何以及在何处编程细胞类型特异性染色质景观驱动造血分化的机制。
Developmental control of gene expression critically depends on distal cis-regulatory elements including enhancers which interact with promoters to activate gene expression. To date no global experiments have been conducted that identify their cell type and cell stage-specific activity within one developmental pathway and in a chromatin context. Here, we describe a high-throughput method that identifies thousands of differentially active cis-elements able to stimulate a minimal promoter at five stages of hematopoietic progenitor development from embryonic stem (ES) cells, which can be adapted to any ES cell derived cell type. We show that blood cell-specific gene expression is controlled by the concerted action of thousands of differentiation stage-specific sets of cis-elements which respond to cytokine signals terminating at signalling responsive transcription factors. Our work provides an important resource for studies of hematopoietic specification and highlights the mechanisms of how and where extrinsic signals program a cell type-specific chromatin landscape driving hematopoietic differentiation.
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影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
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3.1
作者：
Jia J;Ye T;Cui P;Hua Q;Zeng H;Zhao D
通讯作者：
Zhao D
影响因子：
16
作者：
Heinz S;Benner C;Spann N;Bertolino E;Lin YC;Laslo P;Cheng JX;Murre C;Singh H;Glass CK
通讯作者：
Glass CK
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作者：
Adams NM;Lau CM;Fan X;Rapp M;Geary CD;Weizman OE;Diaz-Salazar C;Sun JC
通讯作者：
Sun JC
单位点特异性整合靶向与胚胎干细胞分化相结合，为体内增强子分析提供了高通量替代方案
影响因子：
2.4
作者：
A. Wilkinson;D. Goode;Yi;D. Dickel;Samuel D. Foster;T. Sendall;M. R. Tijssen;M. Sánchez;L. Pennacchio;A. Kirkpatrick;B. Göttgens
通讯作者：
B. Göttgens