MolProbity: all-atom contacts and structure validation for proteins and nucleic acids.
MolProbity: all-atom contacts and structure validation for proteins and nucleic acids.
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DOI：
10.1093/nar/gkm216
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发表时间：
2007-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Richardson DC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Davis IW;Leaver-Fay A;Chen VB;Block JN;Kapral GJ;Wang X;Murray LW;Arendall WB 3rd;Snoeyink J;Richardson JS;Richardson DC
MolProbity是一个通用的web服务器，为蛋白质、核酸和复合物的3D结构提供质量验证。它提供了分子内任何空间问题的详细的全原子接触分析，以及更新的二面角诊断，它可以计算和显示组分之间界面的氢键和范德华接触。这个过程中不可或缺的一步是添加和充分优化所有的氢原子，包括极性和非极性。新的分析功能已添加到RNA，接口和核磁共振集成。此外，网站和主要组件程序都被重写，以提高速度、便利性、清晰度和与其他资源的集成。MolProbity结果以多种形式报告：作为总体数字分数，作为局部问题的列表或图表，作为可下载的PDB和图形文件，最值得注意的是作为信息丰富，可操作的3D运动学图形在KiNG查看器中在线显示。该服务免费提供给所有用户，网址为http://molprobity.biochem.duke.edu。
MolProbity is a general-purpose web server offering quality validation for 3D structures of proteins, nucleic acids and complexes. It provides detailed all-atom contact analysis of any steric problems within the molecules as well as updated dihedral-angle diagnostics, and it can calculate and display the H-bond and van der Waals contacts in the interfaces between components. An integral step in the process is the addition and full optimization of all hydrogen atoms, both polar and nonpolar. New analysis functions have been added for RNA, for interfaces, and for NMR ensembles. Additionally, both the web site and major component programs have been rewritten to improve speed, convenience, clarity and integration with other resources. MolProbity results are reported in multiple forms: as overall numeric scores, as lists or charts of local problems, as downloadable PDB and graphics files, and most notably as informative, manipulable 3D kinemage graphics shown online in the KiNG viewer. This service is available free to all users at http://molprobity.biochem.duke.edu.
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DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
影响因子：
3.4
作者：
BERMAN, HM;OLSON, WK;SCHNEIDER, B
通讯作者：
SCHNEIDER, B
DOI：
10.1093/protein/15.10.779
发表时间：
2002-10-01
期刊：
PROTEIN ENGINEERING
影响因子：
--
作者：
Pierce, NA;Winfree, E
通讯作者：
Winfree, E
DOI：
10.1002/prot.10286
发表时间：
2003-02-15
期刊：
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS
影响因子：
--
作者：
Lovell, SC;Davis, IW;Richardson, DC
通讯作者：
Richardson, DC
DOI：
10.1137/0607033
发表时间：
1986-04-01
期刊：
SIAM JOURNAL ON ALGEBRAIC AND DISCRETE METHODS
影响因子：
--
作者：
ARNBORG, S;PROSKUROWSKI, A
通讯作者：
PROSKUROWSKI, A