Scalable multiplex co-fractionation/mass spectrometry platform for accelerated protein interactome discovery.
Scalable multiplex co-fractionation/mass spectrometry platform for accelerated protein interactome discovery.
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用于加速蛋白质相互作用组发现的可扩展的多重共分馏/质谱平台。
DOI：
10.1038/s41467-022-31809-z
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发表时间：
2022-07-13
影响因子：
16.6
通讯作者：
Emili, Andrew
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Havugimana, Pierre C.;Goel, Raghuveera Kumar;Phanse, Sadhna;Youssef, Ahmed;Padhorny, Dzmitry;Kotelnikov, Sergei;Kozakov, Dima;Emili, Andrew
共分馏/质谱法（CF/MS）使得能够在蛋白质组规模上对内源性大分子网络进行作图，但是目前的方法在实验上是费力的、资源密集的并且提供较低的定量准确性。在这里，我们提出了一种技术上高效，成本效益和可重复的多重CF/MS（mCF/MS）平台，用于同时测量和比较不同实验样品中的多蛋白组装体，其速度比以前的方法快一个数量级。我们应用mCF/MS平行绘制非转化乳腺上皮细胞与乳腺癌细胞的蛋白质相互作用景观，揭示蛋白质-蛋白质相互作用的大规模差异以及与癌症相关途径和改变的细胞过程相关的相关大分子的相对丰度。在优化的工作流程中集成多路复用功能使mCF/MS成为以比较方式系统地探索物理相互作用网络的强大工具。共分馏/质谱（CF/MS）允许映射蛋白质相互作用组，但效率和定量准确性是有限的。在这里，作者开发了一种可重复的多重CF/MS方法，并将其应用于表征乳腺癌细胞中的相互作用组重新布线。
Co-fractionation/mass spectrometry (CF/MS) enables the mapping of endogenous macromolecular networks on a proteome scale, but current methods are experimentally laborious, resource intensive and afford lesser quantitative accuracy. Here, we present a technically efficient, cost-effective and reproducible multiplex CF/MS (mCF/MS) platform for measuring and comparing, simultaneously, multi-protein assemblies across different experimental samples at a rate that is up to an order of magnitude faster than previous approaches. We apply mCF/MS to map the protein interaction landscape of non-transformed mammary epithelia versus breast cancer cells in parallel, revealing large-scale differences in protein-protein interactions and the relative abundance of associated macromolecules connected with cancer-related pathways and altered cellular processes. The integration of multiplexing capability within an optimized workflow renders mCF/MS as a powerful tool for systematically exploring physical interaction networks in a comparative manner. Co-fractionation/mass spectrometry (CF/MS) allows mapping protein interactomes but efficiency and quantitative accuracy are limited. Here, the authors develop a reproducible multiplexed CF/MS method and apply it to characterize interactome rewiring in breast cancer cells.
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影响因子：
64.8
作者：
Jumper J;Evans R;Pritzel A;Green T;Figurnov M;Ronneberger O;Tunyasuvunakool K;Bates R;Žídek A;Potapenko A;Bridgland A;Meyer C;Kohl SAA;Ballard AJ;Cowie A;Romera-Paredes B;Nikolov S;Jain R;Adler J;Back T;Petersen S;Reiman D;Clancy E;Zielinski M;Steinegger M;Pacholska M;Berghammer T;Bodenstein S;Silver D;Vinyals O;Senior AW;Kavukcuoglu K;Kohli P;Hassabis D
通讯作者：
Hassabis D
影响因子：
14.9
作者：
Jarrett SG;Wolf Horrell EM;D'Orazio JA
通讯作者：
D'Orazio JA
DOI：
10.1016/j.pbiomolbio.2016.10.002
发表时间：
2017-09-01
影响因子：
3.8
作者：
Jubb, Harry C.;Pandurangan, Arun P.;Ascher, David B.
通讯作者：
Ascher, David B.
影响因子：
82.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
4.8
作者：
Ciszak, EM;Korotchkina, LG;Patel, MS
通讯作者：
Patel, MS