烟草雄性不育突变转录组相关差异表达基因分析
烟草雄性不育突变转录组相关差异表达基因分析
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DOI：
10.16213/j.cnki.scjas.2022.8.001
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
刘齐元
中科院分区：
文献类型：
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作者：
郑云;崔芳芳;郑九洲;杨祥飞;孟林峰;王建革;刘齐元
【目的】为了从分子生物学方面研究烟草K326雄性不育转录组相关基因的差异表达情况,明确烟草K326雄性不育的发生机制。【方法】以盛花期烟草K326雄性不育系和保持系不同大小花蕾为材料,利用Illumina HiSeq高通量测序技术,然后对测序原始数据进行相应的序列比对分析。【结果】在测序原始数据过滤后,总共得到了84 101 954 ~134 977 386个clean reads用于比对分析,碱基测序质量值Q30均大于94%,GC含量为41.84% ~42.50%。小蕾、中蕾和大蕾中分别得到7881、19 931和10 984个差异表达基因,并且下调显著多于上调基因数。这些差异表达基因被注释到生物过程、分子功能和细胞组分这3大类35个分支中,在细胞组分层面中的分子功能的term数量最多。1257个差异基因被注释到KEGG数据库的249条代谢途径中,其中代谢途径、次生代谢物生物合成和苯丙烷生物合成3个通路所富集的差异基因数较多。对差异基因进行转录因子分析得知在小蕾、中蕾、大蕾时期较多的差异基因都属于ERF、MYB、C_2H_2、NAC、ERKY、bHLH等转录因子家族。【结论】本研究在对烟草雄性不育转录组育性相关基因的研究中发现MYB转录因子以及代谢途径和苯丙烷生物合成方面有较多差异表达基因,因此建议今后在挖掘烟草相关雄性不育基因及分子机制方面可在代谢途径和苯丙烷生物合成方面开展。