Identity and compatibility of reference genome resources.
Identity and compatibility of reference genome resources.
复制标题
参考基因组资源的鉴定与相容性。
DOI：
10.1093/nargab/lqab036
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发表时间：
2021-06
影响因子：
4.6
通讯作者：
Sheffield NC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stolarczyk M;Xue B;Sheffield NC
基因组分析依赖于参考数据，如序列、特征注释和比对器索引。这些数据可以在许多来源的许多版本中找到，因此很难确定和评估它们之间的兼容性。例如，如何确定哪些索引是从相同的原始序列文件派生的，或者哪些注释共享兼容的坐标系？在这里，我们描述了一种新的方法来建立参考基因组资源的身份和兼容性。我们的做法有三个进步：第一，我们得到每个资源的唯一标识符;第二，我们记录资源之间的父子关系;第三，我们描述递归标识符，确定身份以及坐标系和序列名称的兼容性。这些进步促进了基因组参考数据的可移植性、再现性和重复使用。网址：//refgenie.databio. org。
Genome analysis relies on reference data like sequences, feature annotations, and aligner indexes. These data can be found in many versions from many sources, making it challenging to identify and assess compatibility among them. For example, how can you determine which indexes are derived from identical raw sequence files, or which annotations share a compatible coordinate system? Here, we describe a novel approach to establish identity and compatibility of reference genome resources. We approach this with three advances: first, we derive unique identifiers for each resource; second, we record parent–child relationships among resources; and third, we describe recursive identifiers that determine identity as well as compatibility of coordinate systems and sequence names. These advances facilitate portability, reproducibility, and re-use of genome reference data. Available athttps://refgenie.databio.org.
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影响因子：
14.9
作者：
NCBI Resource Coordinators
通讯作者：
NCBI Resource Coordinators
影响因子：
3.7
作者：
Hart RK;Prlić A
通讯作者：
Prlić A
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btv612
发表时间：
2016-02-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Sheffield NC;Bock C
通讯作者：
Bock C
影响因子：
7
作者：
Harrow J;Frankish A;Gonzalez JM;Tapanari E;Diekhans M;Kokocinski F;Aken BL;Barrell D;Zadissa A;Searle S;Barnes I;Bignell A;Boychenko V;Hunt T;Kay M;Mukherjee G;Rajan J;Despacio-Reyes G;Saunders G;Steward C;Harte R;Lin M;Howald C;Tanzer A;Derrien T;Chrast J;Walters N;Balasubramanian S;Pei B;Tress M;Rodriguez JM;Ezkurdia I;van Baren J;Brent M;Haussler D;Kellis M;Valencia A;Reymond A;Gerstein M;Guigó R;Hubbard TJ
通讯作者：
Hubbard TJ