A widespread riboswitch candidate that controls bacterial genes involved in molybdenum cofactor and tungsten cofactor metabolism.
A widespread riboswitch candidate that controls bacterial genes involved in molybdenum cofactor and tungsten cofactor metabolism.
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DOI：
10.1111/j.1365-2958.2008.06208.x
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发表时间：
2008-05
影响因子：
3.6
通讯作者：
Breaker, Ronald R.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Regulski, Elizabeth E.;Moy, Ryan H.;Weinberg, Zasha;Barrick, Jeffrey E.;Yao, Zizhen;Ruzzo, Walter L.;Breaker, Ronald R.
我们已经确定了一个高度保守的RNA基序，位于编码钼酸盐转运蛋白、钼辅因子(MOCO)生物合成酶和利用MOCO作为辅酶的蛋白质的上游。生物信息学搜索已经从环境样品中鉴定出γ-变形杆菌、δ-变形杆菌、梭状芽胞杆菌、放线杆菌、热变形球菌和DNA中的176个代表。使用遗传分析，我们证明了在大肠杆菌中与Moco生物合成操纵子相关的Moco RNA控制着基因的表达，以响应Moco的产生。此外，我们提供的证据表明，这种保守的RNA歧视密切相关的类似物的MOCO。这些结果，再加上一些例子附近广泛的系统发育保守和典型的基因控制结构，表明这种结构化RNA的代表代表了一类新的感知MOCO的核糖开关。此外，我们发现了这种RNA的变种，很可能是由相关的钨辅助因子(Tuco)触发的，它携带钨而不是钼作为金属成分。
We have identified a highly conserved RNA motif located upstream of genes encoding molybdate transporters, molybdenum cofactor (Moco) biosynthesis enzymes, and proteins that utilize Moco as a coenzyme. Bioinformatics searches have identified 176 representatives in γ-Proteobacteria, δ-Proteobacteria, Clostridia, Actinobacteria, Deinococcus-Thermus species and DNAs from environmental samples. Using genetic assays, we demonstrate that a Moco RNA in Escherichia coli associated with the Moco biosynthetic operon controls gene expression in response to Moco production. In addition, we provide evidence indicating that this conserved RNA discriminates against closely related analogues of Moco. These results, together with extensive phylogenetic conservation and typical gene control structures near some examples, indicate that representatives of this structured RNA represent a novel class of riboswitches that sense Moco. Furthermore, we identify variants of this RNA that are likely to be triggered by the related tungsten cofactor (Tuco), which carries tungsten in place of molybdenum as the metal constituent.
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作者：
Anderson, LA;McNairn, E;Boxer, DH
通讯作者：
Boxer, DH
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通讯作者：
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DOI：
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发表时间：
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代谢物结合核糖开关的分布，机制和结构。
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作者：
Barrick, Jeffrey E;Breaker, Ronald R
通讯作者：
Breaker, Ronald R