TRRUST v2: an expanded reference database of human and mouse transcriptional regulatory interactions.
TRRUST v2: an expanded reference database of human and mouse transcriptional regulatory interactions.
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DOI：
10.1093/nar/gkx1013
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发表时间：
2018-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lee I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Han H;Cho JW;Lee S;Yun A;Kim H;Bae D;Yang S;Kim CY;Lee M;Kim E;Lee S;Kang B;Jeong D;Kim Y;Jeon HN;Jung H;Nam S;Chung M;Kim JH;Lee I
转录因子（TFs）是转录调控中的主要反式作用因子。因此，阐明转录因子 - 靶标相互作用是理解诸如人类疾病等复杂性状背后的调控回路的关键步骤。我们之前发布了一个人类转录因子 - 靶标相互作用参考数据库——TRRUST（通过基于句子的文本挖掘揭示的转录调控关系），它是通过基于句子的文本挖掘构建的，随后进行了人工校对。在此，我们介绍TRRUST v2（www.grnpedia.org/trrust），它相较于之前的版本有了显著改进，包括数据库规模大幅增加，其中包含了人类800个转录因子的8444种调控相互作用。更重要的是，TRRUST v2还包含一个小鼠转录因子 - 靶标相互作用数据库，其中有828个小鼠转录因子的6552种转录因子 - 靶标相互作用。TRRUST v2也比其他转录因子 - 靶标相互作用数据库更全面且偏差更小。我们还改进了网络界面，现在它能够根据一组用户输入的转录响应基因所描述的生理状况对关键转录因子进行优先级排序。随着数据库规模的显著扩大以及包含用于转录因子优先级排序的新网络工具，我们相信TRRUST v2将成为研究人类疾病所涉及的转录调控的一个通用数据库。
Transcription factors (TFs) are major trans-acting factors in transcriptional regulation. Therefore, elucidating TF–target interactions is a key step toward understanding the regulatory circuitry underlying complex traits such as human diseases. We previously published a reference TF–target interaction database for humans—TRRUST (Transcriptional Regulatory Relationships Unraveled by Sentence-based Text mining)—which was constructed using sentence-based text mining, followed by manual curation. Here, we present TRRUST v2 (www.grnpedia.org/trrust) with a significant improvement from the previous version, including a significantly increased size of the database consisting of 8444 regulatory interactions for 800 TFs in humans. More importantly, TRRUST v2 also contains a database for TF–target interactions in mice, including 6552 TF–target interactions for 828 mouse TFs. TRRUST v2 is also substantially more comprehensive and less biased than other TF–target interaction databases. We also improved the web interface, which now enables prioritization of key TFs for a physiological condition depicted by a set of user-input transcriptional responsive genes. With the significant expansion in the database size and inclusion of the new web tool for TF prioritization, we believe that TRRUST v2 will be a versatile database for the study of the transcriptional regulation involved in human diseases.
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