REPAC: analysis of alternative polyadenylation from RNA-sequencing data.
REPAC: analysis of alternative polyadenylation from RNA-sequencing data.
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DOI：
10.1186/s13059-023-02865-5
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发表时间：
2023-02-09
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
选择性多聚腺苷酸化(APA)是一种重要的转录后机制，在生物学过程和疾病中具有重要意义。尽管存在专门的多聚腺苷化测序方法，但与RNA测序数据相比，这些数据的可用性是有限的。我们开发了REPAC，一个从RNA测序数据分析APA的框架。使用REPAC，我们研究了由B细胞激活引起的APA的景观。我们还表明，REPAC的速度至少是其他方法的7倍，并且它可以很好地扩展到数百个样本。总体而言，REPAC方法为APA的勘探提供了一种准确、简便、方便的解决方案。网上版载有补充材料，可在10.1186/s13059-023-02865-5查阅。
Alternative polyadenylation (APA) is an important post-transcriptional mechanism that has major implications in biological processes and diseases. Although specialized sequencing methods for polyadenylation exist, availability of these data are limited compared to RNA-sequencing data. We developed REPAC, a framework for the analysis of APA from RNA-sequencing data. Using REPAC, we investigate the landscape of APA caused by activation of B cells. We also show that REPAC is faster than alternative methods by at least 7-fold and that it scales well to hundreds of samples. Overall, the REPAC method offers an accurate, easy, and convenient solution for the exploration of APA. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-023-02865-5.
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影响因子：
10.5
作者：
Lianoglou S;Garg V;Yang JL;Leslie CS;Mayr C
通讯作者：
Mayr C
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14.9
作者：
Ritchie ME;Phipson B;Wu D;Hu Y;Law CW;Shi W;Smyth GK
通讯作者：
Smyth GK
影响因子：
4.8
作者：
Kraus, TA;Lau, JF;Horvath, CM
通讯作者：
Horvath, CM
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64.5
作者：
Mayr C;Bartel DP
通讯作者：
Bartel DP
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y