Allele-specific copy number analysis of tumor samples with aneuploidy and tumor heterogeneity.
Allele-specific copy number analysis of tumor samples with aneuploidy and tumor heterogeneity.
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DOI：
10.1186/gb-2011-12-10-r108
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发表时间：
2011-10-24
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Isaksson A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rasmussen M;Sundström M;Göransson Kultima H;Botling J;Micke P;Birgisson H;Glimelius B;Isaksson A
我们描述了一种生物信息学工具，肿瘤畸变预测套件（TAPS），用于使用Affymetrix SNP阵列的数据识别肿瘤样本中的等位基因特异性拷贝数。它包括基因组片段特征的详细可视化和用于拷贝数识别的迭代模式识别，并且不需要患者匹配的正常样本。即使肿瘤细胞的比例低至30%，TAPS也能以较高的灵敏度识别染色体畸变。对癌症样本的分析表明，TAPS非常适合研究非整倍体和肿瘤异质性的样本，这在许多类型的实体肿瘤中都很常见。
We describe a bioinformatic tool, Tumor Aberration Prediction Suite (TAPS), for the identification of allele-specific copy numbers in tumor samples using data from Affymetrix SNP arrays. It includes detailed visualization of genomic segment characteristics and iterative pattern recognition for copy number identification, and does not require patient-matched normal samples. TAPS can be used to identify chromosomal aberrations with high sensitivity even when the proportion of tumor cells is as low as 30%. Analysis of cancer samples indicates that TAPS is well suited to investigate samples with aneuploidy and tumor heterogeneity, which is commonly found in many types of solid tumors.
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