Tmod: toolbox of motif discovery.
Tmod: toolbox of motif discovery.
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Tmod：主题发现工具箱。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp681
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发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Xie,Hongwei
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Sun,Hanchang;Yuan,Yuan;Wu,Yibo;Liu,Hui;Liu,JunS;Xie,Hongwei
基序发现是计算转录调控研究中的一个重要课题。在过去的十年中，许多研究人员对该领域做出了贡献，并且开发了许多新的寻找工具，每种工具可能都有不同的优势。然而，这些工具中的大多数都没有用户友好的界面，它们的结果也不容易比较。我们提出了一个名为Motif发现工具箱（Toolbox of Motif Discovery, Tmod）的Windows操作系统软件。当前版本的Tmod集成了12个广泛使用的motif发现程序：MDscan， BioProspector, AlignACE, Gibbs motif Sampler， MEME， CONSENSUS, MotifRegressor， GLAM, MotifSampler, SeSiMCMC， Weeder和YMF。Tmod提供了一个统一的界面来简化这些程序的使用，并帮助用户理解调优参数。它允许插件主题查找程序单独运行或以具有预定参数的批处理模式运行，并提供包含来自多个程序的输出的摘要。Tmod是在Microsoft Foundation Classes和Cygwin的支持下用c++开发的。Tmod还可以很容易地扩展以包含未来的算法。获取途径：Tmod下载：http://www.fas.harvard.edu/ ~ junliu/Tmod；联系：xhwei65@nudt.edu.cn；jliu@stat.harvard.edu
Summary:Motif discovery is an important topic in computational transcriptional regulation studies. In the past decade, many researchers have contributed to the field and manyde novomotif-finding tools have been developed, each may have a different strength. However, most of these tools do not have a user-friendly interface and their results are not easily comparable. We present a software called Toolbox of Motif Discovery (Tmod) for Windows operating systems. The current version of Tmod integrates 12 widely used motif discovery programs: MDscan, BioProspector, AlignACE, Gibbs Motif Sampler, MEME, CONSENSUS, MotifRegressor, GLAM, MotifSampler, SeSiMCMC, Weeder and YMF. Tmod provides a unified interface to ease the use of these programs and help users to understand the tuning parameters. It allows plug-in motif-finding programs to run either separately or in a batch mode with predetermined parameters, and provides a summary comprising of outputs from multiple programs. Tmod is developed in C++ with the support of Microsoft Foundation Classes and Cygwin. Tmod can also be easily expanded to include future algorithms.Availability:Tmod is available for download at http://www.fas.harvard.edu/∼junliu/Tmod/Contact:xhwei65@nudt.edu.cn; jliu@stat.harvard.edu