REPPER--repeats and their periodicities in fibrous proteins.
REPPER--repeats and their periodicities in fibrous proteins.
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DOI：
10.1093/nar/gki405
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发表时间：
2005-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lupas, AN
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gruber, M;Söding, J;Lupas, AN
REPPER（REPeats and their PERiodicities）是一个集成的服务器，用于检测和分析蛋白质序列或比对中具有短无间隙重复序列的区域。它通过傅里叶变换（FTwin）和内部相似性分析（REPwin）来发现周期性。FTwin为反映某些性质（例如疏水性）的氨基酸分配数值，并给出相应周期性的信息。REPwin使用自我对齐，并显示显示显着的内部相似性的重复。这两个程序都使用滑动窗口来确保独立检测同一蛋白质内的不同周期区域。FTwin和REPwin通过二级结构预测（PSIPRED）和卷曲螺旋预测（COILS）进行补充，使服务器成为纤维蛋白序列的多功能分析工具。REPPER可在。
REPPER (REPeats and their PERiodicities) is an integrated server that detects and analyzes regions with short gapless repeats in protein sequences or alignments. It finds periodicities by Fourier Transform (FTwin) and internal similarity analysis (REPwin). FTwin assigns numerical values to amino acids that reflect certain properties, for instance hydrophobicity, and gives information on corresponding periodicities. REPwin uses self-alignments and displays repeats that reveal significant internal similarities. Both programs use a sliding window to ensure that different periodic regions within the same protein are detected independently. FTwin and REPwin are complemented by secondary structure prediction (PSIPRED) and coiled coil prediction (COILS), making the server a versatile analysis tool for sequences of fibrous proteins. REPPER is available at .
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