Hybrid Methods for Macromolecular Modeling by Molecular Mechanics Simulations with Experimental Data.
Hybrid Methods for Macromolecular Modeling by Molecular Mechanics Simulations with Experimental Data.
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通过分子力学模拟和实验数据进行大分子建模的混合方法。
DOI：
10.1007/978-981-13-2200-6_13
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发表时间：
2018
影响因子：
--
通讯作者：
F. Tama
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
O. Miyashita;F. Tama
混合方法建模的大分子复合物，联合收割机计算分子力学模拟与实验数据进行了讨论。生物分子结构的实验数据通常是低分辨率的，因此不包含足够的信息来确定分子的原子位置。当大分子的动力学是研究的重点时，这尤其如此。然而，计算建模可以补充缺失的信息。计算能力的显著提高，以及新的建模算法的发展，使我们能够可靠地模拟生物大分子的结构，使用实验数据作为参考。我们回顾了分子力学方法的基础知识，如原子模型力场，粗粒度模型，分子动力学模拟和正常模式分析，并描述了它们如何用于灵活拟合混合建模与实验数据，特别是从冷冻EM和SAXS。
Hybrid approaches for the modeling of macromolecular complexes that combine computational molecular mechanics simulations with experimental data are discussed. Experimental data for biological molecular structures are often low-resolution, and thus, do not contain enough information to determine the atomic positions of molecules. This is especially true when the dynamics of large macromolecules are the focus of the study. However, computational modeling can complement missing information. Significant increase in computational power, as well as the development of new modeling algorithms allow us to model structures of biological macromolecules reliably, using experimental data as references. We review the basics of molecular mechanics approaches, such as atomic model force field, and coarse-grained models, molecular dynamics simulation and normal mode analysis and describe how they could be used for flexible fitting hybrid modeling with experimental data, especially from cryo-EM and SAXS.
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影响因子：
5.7
作者：
Schroeder, Gunnar F.;Brunger, Axel T.;Levitt, Michael
通讯作者：
Levitt, Michael
影响因子：
2.9
作者：
Fritz BG;Roberts SA;Ahmed A;Breci L;Li W;Weichsel A;Brailey JL;Wysocki VH;Tama F;Montfort WR
通讯作者：
Montfort WR
DOI：
10.1016/j.ymeth.2016.01.009
发表时间：
2016-05-01
期刊：
Methods (San Diego, Calif.)
影响因子：
--
作者：
McGreevy R;Teo I;Singharoy A;Schulten K
通讯作者：
Schulten K
影响因子：
5.6
作者：
Tama, F;Wriggers, W;Brooks, CL
通讯作者：
Brooks, CL
影响因子：
1.5
作者：
Pelikan M;Hura GL;Hammel M
通讯作者：
Hammel M