Different tertiary interactions create the same important 3D features in a distinct flavivirus xrRNA.
Different tertiary interactions create the same important 3D features in a distinct flavivirus xrRNA.
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DOI：
10.1261/rna.077065.120
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发表时间：
2021-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kieft JS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jones RA;Steckelberg AL;Vicens Q;Szucs MJ;Akiyama BM;Kieft JS
在感染黄病毒（FV）期间，细胞积累非编码亚基因组黄病毒rna (sfRNAs)，干扰几种抗病毒途径。这些sfRNAs是由病毒基因组RNA的3 '非翻译区（UTR）中的结构化RNA元件形成的，它们阻断了靶向病毒RNA的宿主细胞外核糖核酸酶的进展。先前对这些来自蚊子传播的FVs的外核糖核酸抗性rna （xrRNA）的研究揭示了一种具有独特拓扑结构的特定三维折叠，其中环状结构保护性地环绕着xrRNA的5 '端。保守的核苷酸产生特定的三级相互作用，支持这种折叠。对更多不同的fv的检查揭示了它们的3 ' UTR序列的差异，提出了它们是否含有xrrna的问题，如果含有，它们是如何折叠的。为了回答这个问题，我们在塔玛纳蝙蝠病毒（TABV）的3 ' UTR中证明了一个真实的xrRNA的存在，并通过x射线晶体学解决了它的结构。该结构揭示了先前表征的xrnas的保守特征，但在TABV版本中，这些特征是通过一组以前在xrnas中未见过的新的三级相互作用产生的。这包括两个重要的a - C相互作用，四个不同的主链扭结，几个有序的Mg2+离子和一个C+ -G-C碱基三重键。在远亲黄病毒中，相同的整体结构可以通过非常不同的序列和相互作用来实现，这一发现提供了对这类RNA多样性的深入了解，并将为在病毒及其他病毒中寻找未被发现的xrrna提供信息。
During infection by a flavivirus (FV), cells accumulate noncoding subgenomic flavivirus RNAs (sfRNAs) that interfere with several antiviral pathways. These sfRNAs are formed by structured RNA elements in the 3′ untranslated region (UTR) of the viral genomic RNA, which block the progression of host cell exoribonucleases that have targeted the viral RNA. Previous work on these exoribonuclease-resistant RNAs (xrRNAs) from mosquito-borne FVs revealed a specific three-dimensional fold with a unique topology in which a ring-like structure protectively encircles the 5′ end of the xrRNA. Conserved nucleotides make specific tertiary interactions that support this fold. Examination of more divergent FVs reveals differences in their 3′ UTR sequences, raising the question of whether they contain xrRNAs and if so, how they fold. To answer this, we demonstrated the presence of an authentic xrRNA in the 3′ UTR of the Tamana bat virus (TABV) and solved its structure by X-ray crystallography. The structure reveals conserved features from previously characterized xrRNAs, but in the TABV version these features are created through a novel set of tertiary interactions not previously seen in xrRNAs. This includes two important A–C interactions, four distinct backbone kinks, several ordered Mg2+ ions, and a C+–G–C base triple. The discovery that the same overall architecture can be achieved by very different sequences and interactions in distantly related flaviviruses provides insight into the diversity of this type of RNA and will inform searches for undiscovered xrRNAs in viruses and beyond.
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影响因子：
5
作者：
Brinton MA;Basu M
通讯作者：
Basu M
影响因子：
16.6
作者：
MacFadden A;O'Donoghue Z;Silva PAGC;Chapman EG;Olsthoorn RC;Sterken MG;Pijlman GP;Bredenbeek PJ;Kieft JS
通讯作者：
Kieft JS
DOI：
10.1073/pnas.1905617116
发表时间：
2019-09-17
影响因子：
11.1
作者：
Goertz, Giel P.;van Bree, Joyce W. M.;Pijlman, Gorben P.
通讯作者：
Pijlman, Gorben P.
影响因子：
5.4
作者：
Iwakawa, Hiro-oki;Mizumoto, Hiroyuki;Okuno, Tetsuro
通讯作者：
Okuno, Tetsuro
影响因子：
5.4
作者：
Khromykh, AA;Varnavski, AN;Westaway, EG
通讯作者：
Westaway, EG