SpreaD3: Interactive Visualization of Spatiotemporal History and Trait Evolutionary Processes
SpreaD3: Interactive Visualization of Spatiotemporal History and Trait Evolutionary Processes
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DOI：
10.1093/molbev/msw082
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发表时间：
2016-08-01
影响因子：
10.7
通讯作者：
Lemey, Philippe
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bielejec, Filip;Baele, Guy;Lemey, Philippe
基于模型的系统发育重建越来越多地考虑空间或表型特征，并结合序列数据来研究进化过程。除了参数估计，祖先重建的可视化是这些分析的一个组成部分。在这里，我们提出了对进化动力学软件的空间系统发育重建的全面改革，现在称为SpreaD3，以强调数据驱动文档的使用，作为主要补充Beast的贝叶斯推理的分析和可视化包(http://beast.bio.ed.ac.uk，最近一次访问是在2016年5月9日)。JAVASCRIPT D3文库的集成(www.d3.org，最后一次访问，2016年5月9日)提供了新的基于网络的交互式可视化能力，这些能力不限于空间特征，并扩展到任何感兴趣的生物体的任何离散或连续价值的特征。
Model-based phylogenetic reconstructions increasingly consider spatial or phenotypic traits in conjunction with sequence data to study evolutionary processes. Alongside parameter estimation, visualization of ancestral reconstructions represents an integral part of these analyses. Here, we present a complete overhaul of the spatial phylogenetic reconstruction of evolutionary dynamics software, now called SpreaD3 to emphasize the use of data-driven documents, as an analysis and visualization package that primarily complements Bayesian inference in BEAST (http://beast.bio.ed.ac.uk, last accessed 9 May 2016). The integration of JavaScript D3 libraries (www.d3.org, last accessed 9 May 2016) offers novel interactive web-based visualization capacities that are not restricted to spatial traits and extend to any discrete or continuously valued trait for any organism of interest.