Adaptive single replica multiple state transition interface sampling.
Adaptive single replica multiple state transition interface sampling.
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自适应单副本多状态转换接口采样。
DOI：
--
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发表时间：
2013
影响因子：
4.4
通讯作者：
P. Bolhuis
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
W. Du;P. Bolhuis
多状态转换路径采样方法允许对许多亚稳态之间的罕见转换进行采样，但具有难以在性质上不同的路径之间切换的缺点。与副本交换过渡接口采样相结合原则上可以缓解这个问题，但需要大量的同时副本。在这里，我们通过引入一个单一的副本采样算法，一次只采样一个接口，同时有效地通过整个路径空间使用王-朗道的方法，或者，固定的偏见，以消除这些缺点。我们说明了几个模型系统的方法：一个粒子扩散在一个简单的二维潜在的，异构化在一个小的Lennard琼斯集群，异构化的丙氨酸二肽在明确的水。
The multiple state transition path sampling method allows sampling of rare transitions between many metastable states, but has the drawback that switching between qualitatively different pathways is difficult. Combination with replica exchange transition interface sampling can in principle alleviate this problem, but requires a large number of simultaneous replicas. Here we remove these drawbacks by introducing a single replica sampling algorithm that samples only one interface at a time, while efficiently walking through the entire path space using a Wang-Landau approach or, alternatively, a fixed bias. We illustrate the method on several model systems: a particle diffusing in a simple 2D potential, isomerization in a small Lennard Jones cluster, and isomerization of the alanine dipeptide in explicit water.
影响因子：
1.6
作者：
Leimkuhler, Ben;Noorizadeh, Emad;Theil, Florian
通讯作者：
Theil, Florian
影响因子：
4.4
作者：
Prinz, Jan-Hendrik;Wu, Hao;Noe, Frank
通讯作者：
Noe, Frank
影响因子：
4.4
作者：
Faradjian, AK;Elber, R
通讯作者：
Elber, R