Cis-trans isomerization in biochemistry
Cis-trans isomerization in biochemistry
复制标题
DOI：
--
复制
发表时间：
2006
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
C. Dugave
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
C. Dugave
前言。贡献者名单。 1 命名法（Christophe Dugave）。 2 顺反异构化的一般机制：快速调查（Christophe Dugave）。 2.1 简介。 2.2 均质顺反异构化。 2.3 杂解顺反异构化。 3 通过三重态围绕碳-碳双键的顺反异构化机制（Yasushi Koyama、Yoshinori Kakitani 和 Hiroyoshi Nagae）。 3.1 三重激发区的概念。 3.2 视网膜中的三重态异构化。 3.3 β-胡萝卜素和球状烯的三重态异构化。 3.4 研究 T1 态顺反异构化的光谱和分析技术。 4 视网膜结合蛋白（Hideki Kandori）。 4.1 视紫红质中的视网膜发色团。 4.2 视觉视紫红质中的光异构化。 4.3 古细菌视紫红质的光异构化。 4.4 总结与展望。 5 非视网膜发色蛋白 (Marc Zimmer)。 5.1 简介。 5.2 光敏黄色蛋白。 5.3 绿色荧光蛋白和其他 GFP 样蛋白。 5.4 光敏色素。 6 脂肪酸和磷脂（Chryssostomos Chatgilialoglu 和 Carla Ferreri）。 6.1 简介。 6.2 酶催化细菌中不饱和脂肪酸残基的顺反异构化。 6.3 自由基催化的不饱和脂质的顺反异构化及其对生物膜的影响。 6.4 前景和未来研究。 7 有机和生物系统中顺反异构化的计算机动态研究（Ute F. R!hrig、Ivano Tavernelli 和 Ursula Rothlisberger）。 7.1 简介。 7.2 计算方法。 7.3 CTI 的理论方面。 7.4 PSB5 和福尔马亚胺中的 CTI。 7.5 视紫质中的 CTI。 7.6 总结和结论。 8 酯、酰胺和相关化合物受限旋转的化学方面（Christophe Dugave）。 8.1 顺反异构化的热力学和动力学方面。 8.2 环境对CTI 的影响。 8.3 酰胺和其他共轭p-系统的CTI研究。 9 肽和蛋白质中的酰胺顺反异构化（Stephan Wawra 和 Gunter Fischer）。 9.1 酰亚胺和仲酰胺肽键构象。 9.2 蛋白质中酰胺相关的构象9.3 天然状态肽键异构化。 9.4 生物学后果。 10 种酶催化肽键顺反异构化（Gunter Fischer）。 10.1 简介。 10.2 亲环蛋白。 10.3 FK506 结合蛋白 (FKBP)。 10.4 触发因素。 10.5 小虫蛋白。 10.6 二级酰胺肽键顺反异构酶。 10.7 肽键顺反异构酶的催化机制11 定制酰胺的顺反异构化（Luis Moroder 和 Christian Renner、John J. Lopez、Gabriele Tuchscherer 和 Manfred Mutter）。 11.1 简介。 11.2 取代的脯氨酸。 11.3 化学合成和生物学中的伪脯氨酸11.4 结论和观点。 12 肽基脯氨酰异构酶：新型疗法的新靶点？ （克里斯托夫·杜加夫）。 12.1 简介。 12.2 PPI酶在生物过程和疾病中的意义。 12.3 PPI酶的结构和SAR研究：结构证据和推定的催化机制。 12.4 PPIase 抑制剂：从体外抑制剂到新型疗法。 12.5 结论和观点。 13 有机分子和生物分子中的其他顺反异构化（Muriel Gondry 和 Christophe Dugave）。 13.1 简介。 13.2 单键周围的顺反异构化。 13.3 含C=N的化合物。 13.4 脱氢氨基酸和脱氢肽。 13.5 含有偶氮苯部分的光可调生物分子。 14 金属配合物中的顺反异构现象（Alzir Azevedo Batista 和 Salete Linhares Queiroz）。 14.1 简介。 14.2 金属配合物的顺反异构化：机制和影响14.3 金属配合物的顺反异构体作为潜在的治疗药物。 14.4 金属配合物顺反异构化在超分子化学中的应用14.5 最后评论。指数。
Preface. List of Contributors. 1 Nomenclature (Christophe Dugave). 2 General Mechanisms of Cis-Trans Isomerization: A Rapid Survey (Christophe Dugave). 2.1 Introduction. 2.2 Homolytic Cis-Trans Isomerization. 2.3 Heterolytic Cis-Trans Isomerization. 3 Mechanisms of Cis-Trans Isomerization around the Carbon-Carbon Double Bonds via the Triplet State (Yasushi Koyama, Yoshinori Kakitani, and Hiroyoshi Nagae). 3.1 A Concept of a Triplet-Excited Region. 3.2 Triplet-State Isomerization in Retinal. 3.3 Triplet-State Isomerization in b-Carotene and Spheroidene. 3.4 Spectroscopic and Analytical Techniques for Studying Cis-Trans Isomerization in the T1 State. 4 Retinal Binding Proteins (Hideki Kandori). 4.1 Retinal Chromophore in Rhodopsins. 4.2 Photoisomerization in Visual Rhodopsins. 4.3 Photoisomerization in Archaeal Rhodopsins. 4.4 Summary and Prospects. 5 Non-Retinal Chromophoric Proteins (Marc Zimmer). 5.1 Introduction. 5.2 Photoactive Yellow Protein. 5.3 Green Fluorescent Protein and Other GFP-like Proteins. 5.4 Phytochromes. 6 Fatty Acids and Phospholipids (Chryssostomos Chatgilialoglu and Carla Ferreri). 6.1 Introduction. 6.2 Enzyme-Catalyzed Cis-Trans Isomerization of Unsaturated Fatty Acid Residues in Bacteria. 6.3 Radical-Catalyzed Cis-Trans Isomerization of Unsaturated Lipids and its Effect on Biological Membranes. 6.4 Perspectives and Future Research. 7 In Silico Dynamic Studies of Cis-Trans Isomerization in Organic and Biological Systems (Ute F. R!hrig, Ivano Tavernelli, and Ursula Rothlisberger). 7.1 Introduction. 7.2 Computational Methods. 7.3 Theoretical Aspects of CTI. 7.4 CTI in PSB5 and Formaldimine. 7.5 CTI in Rhodopsin. 7.6 Summary and Conclusions. 8 Chemical Aspects of the Restricted Rotation of Esters, Amides, and Related Compounds (Christophe Dugave). 8.1 Thermodynamic and Kinetic Aspects of Cis-Trans Isomerization. 8.2 Influence of the Environment on CTI. 8.3 The Study of CTI of Amides and other Conjugated p-Systems. 9 Amide Cis-Trans Isomerization in Peptides and Proteins (Stephan Wawra and Gunter Fischer). 9.1 Imidic and Secondary Amide Peptide Bond Conformation. 9.2 Amide Relevant Conformations in Proteins. 9.3 Native State Peptide Bond Isomerization. 9.4 Biological Consequences. 10 Enzymes Catalyzing Peptide Bond Cis-TransIsomerizations (Gunter Fischer). 10.1 Introduction. 10.2 Cyclophilins. 10.3 FK506 Binding Proteins (FKBPs). 10.4 Trigger Factor. 10.5 Parvulins. 10.6 Secondary Amide Peptide Bond Cis-Trans Isomerases. 10.7 Catalytic Mechanism of Peptide Bond Cis-Trans Isomerases. 11 Tailoring the Cis-Trans Isomerization of Amides (Luis Moroder and Christian Renner, John J. Lopez, Gabriele Tuchscherer and Manfred Mutter). 11.1 Introduction. 11.2 Substituted Prolines. 11.3 Pseudoprolines in Chemical Synthesis and Biology. 11.4 Conclusions and Perspectives. 12 Peptidyl Prolyl Isomerases: New Targets for Novel Therapeutics? (Christophe Dugave). 12.1 Introduction. 12.2 Implication of PPIases in Biological Processes and Diseases. 12.3 Structure and SAR studies of PPIases: Structural Evidence and Putative Catalytic Mechanism. 12.4 PPIase Inhibitors: From In Vitro Inhibitors to Novel Therapeutics. 12.5 Conclusion and Perspectives. 13 Other Cis-Trans Isomerizations in Organic Molecules and Biomolecules (Muriel Gondry and Christophe Dugave). 13.1 Introduction. 13.2 Cis-Trans Isomerization around Single Bonds. 13.3 C=N-containing Compounds. 13.4 Dehydroamino Acids and Dehydropeptides. 13.5 Phototunable Biomolecules Containing an Azobenzene Moiety. 14 Cis-Trans Isomerism in Metal Complexes (Alzir Azevedo Batista and Salete Linhares Queiroz). 14.1 Introduction. 14.2 The Cis-Trans Isomerization of Metal Complexes: Mechanisms and Effects. 14.3 Cis-Trans Isomers of Metal Complexes as Potential Therapeutics. 14.4 Applications of Cis-Trans Isomerization of Metal Complexes in Supramolecular Chemistry. 14.5 Final Remarks. Index.