A Partial Nudged Elastic Band Implementation for Use with Large or Explicitly Solvated Systems.
A Partial Nudged Elastic Band Implementation for Use with Large or Explicitly Solvated Systems.
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DOI：
10.1002/qua.22405
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发表时间：
2009-08-27
影响因子：
2.2
通讯作者：
Simmerling, Carlos
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bergonzo, Christina;Campbell, Arthur J.;Walker, Ross C.;Simmerling, Carlos
微移弹性带法 (NEB) 可用于查找两个给定起始结构之间的最小能量路径。该方法已在 Amber9 和 Amber10 程序套件的标准版本中提供。在本文中，将讨论该方法的新颖实现，其中微调弹性带方法仅应用于特定系统中特定的、用户定义的原子子集，返回可比较的结果和最小能量路径，作为丙氨酸二肽测试系统的标准实现。这允许将显式溶剂与模拟系统结合起来，这在许多情况下可能优于隐式溶剂模型。从计算的角度来看，NEB 的这种实现还减少了代码内部的通信开销，从而为大型系统带来更好的性能。
The nudged elastic band method (NEB) can be used to find a minimum energy path between two given starting structures. This method has been available in the standard release of the Amber9 and Amber10 suite of programs. In this paper a novel implementation of this method will be discussed, in which the nudged elastic band method is applied to only a specific, user-defined subset of atoms in a particular system, returning comparable results and minimum energy pathways as the standard implementation for an alanine dipeptide test system. This allows incorporation of explicit solvent with simulated systems, which may be preferred in many cases to an implicit solvent model. From a computational standpoint, this implementation of NEB also reduces the communication overhead inside the code, resulting in better performance for larger systems.
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